1868年1月11日午夜11時左右，蔡元培出生在浙江省紹興府山陰縣城筆飛弄內的一個商人家庭裏。蔡元培乳名阿培，入塾時，按字輩取名元培。原字鶴卿，及治小學，以“鶴卿”二字庸俗，乃自字“仲申”,並改“鶴卿”作“崔顧”為號。1902年創辦愛國學社時，又自號曰“民友”。迨1904年主編《警鍾日報》,乃取《詩經》中“周餘黎民，靡有孑遺”兩句中各一字，改號為“孑民”,自茲一直沿用。此外，還用過“蔡振”“周子餘”等筆名。①
蔡元培青少年時代走的也是傳統的舉業道路。虛齡6歲那年，家裏就為他延師授讀，13歲開始學作八股文，1883年17歲考中秀才，結束10年私塾教育，開始自由閱讀。1886年入浙東著名藏書樓“徐氏鑄學齋”,幫助校勘藏書6年，得以博覽眾書，開始形成泛覽百家、兼收並蓄的治學風格，所作的八股文也打破傳統舊規。受龔自珍文章的影響，為文奇古博雅，常以古書中通假之字易常字，以古書中奇特之句法易常調，表現出深厚的文字功底，他在1889年的浙江鄉試中考中舉人，就以“怪八股”而聞名。②翌年，赴京參加會試，中式為第80名貢士；1892年又赴京補應殿試和朝考，名列二甲第34名進士，授翰林院庶吉士；1894年春，應翰林院散館考試，升任翰林院編修，登上科舉道路的巔峰。
1894年中日甲午戰爭爆發之後，受民族危機的刺激及維新思潮的影響，蔡元培終於衝破傳統的樊籬，開始由一位舊式士大夫向新型知識分子轉變，在閱讀中國古書之外，廣泛涉獵西學書籍。據蔡元培《日記》所載，他在1894—1899年裏所讀的有關西學圖書多達百餘種。這些圖書除介紹外國史地、政治、戰史外，其中不少屬於自然科學方麵的書籍，內容涉及聲光化電以及醫學、算學、天文、地質等諸多領域，表現出蔡元培對文化本身的極大興趣和兼收並蓄的態度。在尋求如何救國自強問題上，蔡元培並不十分認同當時康有為、梁啟超等維新派發起的自上而下的變法維新運動，批評他們“不先培養革新之人才，而欲以少數人弋取政權，排斥頑舊，不能不情見勢絀”③。他認為隻有從培養人才、開發民智著手，才能自強救亡。1898年10月15日，在戊戌政變發生後不到一個月，蔡元培便告假，攜眷離京，回到南方從事新式學校教育，先後擔任紹興中西學堂監督、嵊縣(今嵊州市)剡山書院院長、上海南洋公學特班總教習、上海中國教育會會長、愛國學社和愛國女學校長等職。