蔡元培在中國近代曆史上享有崇高地位，被尊為學界領袖，在於他為中國現代教育事業做出卓越貢獻。
除早年從事興辦新式學校外，蔡元培為中國現代教育事業所做的第一件工作為出任民國第一任教育總長，奠定中國現代教育新體製。在1912年任民國教育總長的半年裏，蔡元培以豐富的教育經驗和卓越的領導才能，組建高效廉潔的中央教育行政機關，一麵對傳統的封建教育製度進行徹底清算，如廢除“忠君”"尊孔"的封建教育宗旨，禁止使用清末學部頒行的舊教科書，廢除舊時代獎勵科舉出身的辦法，廢止中小學讀經，等等；一麵提出軍國民主義教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育和美感教育等“五育”並舉的新的教育方針，製定和頒布一係列新的教育法令和法規，主持召開首次全國教育會議，確立中華民國新學製，從而實現了由封建舊教育向近代新教育的轉化，並有力地配合了民國初年民主共和政治的建設。
蔡元培在推動現代教育事業方麵所做的另一件比較有影響的工作為發起和領導留法勤工儉學運動。蔡元培於民國初年參與發起的留法勤工儉學運動雖然由於違背一般的留學教育規律，在1921年之後即趨夭折，但作為一項新生事物，留法勤工儉學運動不失為中國近代留學史上的一個重大創舉，開創了一種新的自費留學模式，促進了教育觀念的變革，既為中國的教育科學文化事業和經濟建設培養了一批有用人才，同時還為近代中國培養了大批優秀革命家。在蔡元培等人的倡導下，“五四”前後一大批具有初步共產主義思想的知識分子，如周恩來、蔡和森、鄧小平、陳毅、李富春、聶榮臻、王若飛、蔡暢、向警予、陳延年等，正是在留法勤工儉學的熱潮中，學習和接受了馬克思列寧主義，成為中國革命的中堅力量。留法勤工儉學運動所產生的這一深遠影響，雖非蔡元培始料所及，但論其結果，則不能不說是蔡元培的又一重大功勞。