在中國文化由傳統向近代的轉型過程中，思想界一直充滿各種激烈的爭論。在推動中國新文化過程中，蔡元培雖然沒有直接卷入有關文化問題的論戰，但他對中國文化建設實際上有著許多獨到的見解，並發揮了獨到的作用，不愧為中國新文化運動的殿軍。
作為中國近代教育救國論和科學救國論的倡導者，蔡元培大多數時候都傾向於通過思想文化的革新來推動中國社會的變革。1913年“二次革命”失敗之後，蔡元培與吳稚暉、汪精衛等探討今後的救國道路，就一致認為中國問題非政治所能解決，還是要從教育青年、轉移風氣入手，因此他在9月5日袁世凱的北洋軍攻占南京後的第四天便攜家眷前往法國遊學，致力於介紹和傳播西方學術文化。1916年6月袁世凱“洪憲”帝製失敗後，蔡元培對國內政治問題也多從思想文化角度予以審視，認為振興中國的根本出路在於“由日新又新之思想，普及於人人，而非恃一手一足之烈”①。他於10月2日攜眷離法回國，目的就是要投身國內的文化教育活動，認為在國外經營文教事業“不及在國內之切實”②.
1917年回國出任北大校長之後，蔡元培不但自己宣傳新文化，提倡白話文，提倡科學和民主，而且還以其聲望和社會地位，排除反對勢力的攻擊，大力延聘陳獨秀、胡適、李大釗、錢玄同、高一涵、劉半農、魯迅、沈尹默等新派學人為北大教員，並支持陳獨秀將《新青年》雜誌遷到北大，使新文化運動的力量匯聚到北大，將從原來由陳獨秀等少數人提倡的文化運動變成有大批青年學生擁護的全國性的思想解放運動。對於蔡元培在推動新文化運動中所起的這一關鍵作用，梁漱溟做過一個很中肯的評價，他說：“所有陳胡以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未必能作，然他們諸位若沒有蔡先生，卻不得聚攏在北大，更不得機會發抒。聚攏起來，而且使其各得發抒，這畢竟是蔡先生獨有的偉大。從而近二三十年中國新機運亦就不能不說蔡先生實開之了。”①