在商標法問題上是執行清政府頒布的《商標注冊試辦章程》,還是接受五國公使合擬的商標章程，這是一件事關中國主權和華商利益的事情。在這場交涉中，商部及後來的農工商部既有妥協，也有抗爭。
1905年5月，商部在審閱五國合議的漢洋文章程後，當即表示不能首肯，並就該章程內容與各國展開交涉，提出修改意見，重申華洋商“無分軒輕”的立場，聲明“此次商改之宗旨均屬力主和平，凡各國商利所關，中國主權所係，均當兼籌並顧”②。商部首先就第15、20、21、23條內容與五國公使展開激烈辯論。商部認為商標章程係根據西方國家定例製訂，商標審定也自應照各國通例辦理，因此刪去第15條商標審定由該管領事官會同審判的內容，並對第20、21兩條內容也做了相應的修改。第23條是關於規費問題的，商部認為五國公使所訂的收費標準偏低，應按原議。五國公使對這些修改意見一概拒絕，強調第15條內容係為保護本國商民特意擬入，不能刪去，指責商部對第20、21條內容的修改“實與條約甚不相符”,認為商部所開的各項規費比較各國甚屬高昂，“各國政府似不能準使通商擔受如此重費”。①最後五國公使表示在上述內容未商妥之前，此外尚有應駁之處暫且“先可毋庸議論”。針對五國公使的反對，商部對上述各端的修改理由進行了闡釋，指出所擬各項規費也是參照各國通例，查美國注冊費為25美元，就相當於中國35兩，如果再以國境大小和商標有效期限與各國平均核議，那麽所訂規費“即屬有絀無盈”②。有關商標審定和冒牌商標的處理辦法問題，商部聲辯說，章程第15條所開內容專指商標的審定，它純屬商標局的職能，與控告裁判毫不相關；章程第20、21條內容專指商標糾紛的裁判和處置辦法，對此以前條約並無明文規定，根據中美、中日商約所說“商標均由中國官員查察保護及遵守中國所定之商標章程”各語推斷，那麽,因商標而產生的各種事端理應屬商標局管轄。再者，從前條約所載領事裁判權專指幹犯刑事而言，不能與此次商標裁判相提並論，更何況英美日三國在商約中均答應“侯中國法律改正，即棄其治外法權……何獨於此次參酌各國通行照約應行遵守之商標法不願意遵守耶!”③英、法、德、意、奧五國公使對商部的上述辯駁根本不予理會。10月25日，他們照會外務部，蠻橫指責商部在商標法問題上牽提與此事無關之治外法權，與以前所訂的中外條約的內容相違背，表示“在未奉各本國政府命令以前，本大臣等無從論議此項事宜，至來文及複論所擬改各節，本大臣等礙難應允，惟有轉達各本國政府”④。這樣，近代商標法在中國的實施再次陷入僵局。