從1900年美國出兵中國、鎮壓義和團運動，與其他列強一道參與勒索庚子賠款，至1909年美國正式退還部分庚子賠款，用於派遣中國學生留學美國的近十年時間裏，正是柔克義具體參與製定和執行美國對華政策的時期。因此，他完整參與了美國退還部分庚子賠款的全過程。
1900年北京發生義和團運動後不久，柔克義即被任命為美國派往中國的專使，8月29日抵達上海，隨即前往北京以公使參讚和顧問的身份參加辛醜和約的談判。1901年2月，他被任命為美國全權代表，直至9月7日和約簽訂，離華返回美國，親曆了有關庚子賠款問題的談判。
在北京外交團討論賠款問題過程中，作為門戶開放政策的實際製定者，柔克義為確保清政府的生存和發展，當時就極力貫徹美國政府的主張，反對列強過度勒索，強調賠款不應超出清政府的償付能力，損害中國的行政和行政改革能力，危害中國的獨立和完整。②1901年5月7日，當北京外交團決定向清政府提出總數4.5億兩的賠款聯合照會時，柔克義以這一賠款數目過高而持保留態度，指出“絕不應把照會中提到的賠款額看成向中國的索賠要求，或要求中國對支付這一賠款額做出任何許諾，這僅僅是將其送交全權大臣，使他們能夠就中國償付能力的限度以及準備采取的償付辦法做出正式表示”③。而在當日寫給國務卿海約翰的報告中，他明確表示列強提出的這一賠款要求超出了清政府的支付能力，“必須對賠款總數做大量的削減”,認為現在就提出最後向中國要求的賠款總數“還為時過早”。①為挫敗列強提出的這一賠款要求，柔克義甚至於7、9兩日分別致電美國駐南京和漢口領事密告兩江總督劉坤一和湖廣總督張之洞，希望經由中國全權談判代表提出困難以達到削減賠款的目的，指出“總督應通過中國全權大臣力陳他的觀點。美國將盡力阻止這一賠款要求而使中國避免陷入持久的財政困難。我們寧願清政府實行行政改革和增加外國貿易優惠政策，而不要大筆的現金賠款”②。在愚蠢的清政府答應列強的賠款要求之後，柔克義仍然做最後努力，呼籲列強降低賠款，他在5月22日的外交使團會議上建議外交使團就是否同意對賠款做任何削減進行表決，指出雖然中國政府承認了4.5億兩的賠款，但當初我們提出這一要求隻是一個假設性的數字，因此我們不能就此把它理解為要求中國償付這一巨額賠款的一個承諾。③