《新民說》存在著當時的思想界在改造國民性問題上帶有的普遍性缺點，也有梁啟超作為改良主義者在《新民說》中表現出來的局限。
《新民說》缺乏明確的階級分析觀點，這是當時思想界存在的共同缺點。梁啟超雖然在文章裏對人民群眾及統治階級中存在的劣根性的表現形式及其危害有所區別，並對產生這些劣根性的根源做了探討，但由於缺乏明確的階級觀點，他並沒有進一步分清哪些劣根性是人民群眾作為小生產者自身所固有的，哪些劣根性主要是統治階級的思想意識。這樣，他對中國民族性就不可能有一個全麵的正確的評價，在國民性的評騭中陷入自相矛盾。例如，當他在《新民說》中將怕死、懶惰、虛偽、缺乏毅力等主要存在於統治階級身上的那些劣根性，不加分析地說成所有中國人共有的性格的時候，他就無法解釋他在其他文章中稱讚的普遍存在在廣大勞動人民中的那些優良傳統——刻苦耐勞、誠實憨厚，以及不畏強暴的反抗精神。因此，在改造國民性問題上隻講民族性不提階級性的做法是不可取的，這在階級社會裏尤其如此。
《新民說》另一個具有普遍性的缺點是在宣傳上片麵誇大精神的作用，將中國的衰敗、封建專製製度的存在全然歸咎於國民精神上的弱點，認為“以若是之民，得若是之政府官吏，正所謂種瓜得瓜，種豆得豆”①。這種看法正如當時有人批評的那樣，犯了“倒果為因”的錯誤。但有此錯誤偏向者絕非梁啟超一人，而是當時強調思想啟蒙作用的人所共有的特點。鄒容在《革命軍》中就曾說中國人遭受的奴隸般的待遇是“中國人自樂為奴隸”。陳獨秀甚至說中國的衰敗“不是皇帝不好，也不是做官的不好，也不是兵不強，也不是財不足，也不是外國欺負中國……我們中國人，天生的有幾種不好的性質，便是亡國的原因了”②。這種錯誤偏向主要出於他們對劣根性的憤慨，希望以此來激發人們發奮圖強，起來革除自身弱點。因此，將《新民說》看成梁啟超“將奴役中國人民的心理和身體的專製統治以及其統治基礎的各種製度的罪惡輕輕地開脫掉”①。這樣的觀點難以令人信服。事實上，每個不帶感情偏見的讀者都會看到，《新民說》自始至終沒有放棄對封建專製製度的批判。