1902年，梁啟超發表《保教非所以尊孔論》,公開放棄保教，這在梁啟超早期思想發展中具有多重意義。
首先，它標誌著梁啟超宗教觀念的重大轉變和發展。在保教主張中，梁啟超所理解的宗教與一般的思想和學說並沒有什麽本質的差別，而與佛教典籍中所說的“宗教”二字的含義十分接近①,即崇奉佛陀及其弟子的教誨，“教”指佛陀所說，“宗”指佛陀弟子所傳，“宗”乃“教”之分派，二者合為佛教教理。這在梁啟超的保教宣傳中表現得十分清楚。在談到有關宗教問題的時候，梁啟超有時提到佛教、景教、耶教、回教等這樣一些具體的宗教派別，但絲毫沒有意識到他所要創立的孔教與世界上幾大宗教的本質區別。在需要使用“宗教”二字的地方，梁啟超更多使用“教”“教宗”等字眼來加以表達。在梁啟超當時發表的文章中，“教”一字除了“教育”“教學”等意思之外，凡是用來表達宗教意思的，其含義都是指孔子學說，所謂“保教”“傳教”雲雲，即是要傳播、弘揚和崇奉孔子學說；“宗”則指孔子弟子所傳思想。可以說，梁啟超當時使用的“教宗”一詞，與佛教所說的“宗教”一詞的含義完全一樣，唯一不同的是根據中國的文化傳統，將“教”置於“宗”之前。在《西學書目表後序》一文中，梁啟超雖然使用了“宗教”一詞②,但其意思也與他當時所用“教宗”和佛教典籍中所說的“宗教”二字的含義一致，而與西方“religion”一詞毫無關係。總之，戊戌時期梁啟超的保教思想，就其宗教意義來說，既不涉及對超人間、超自然力量的信仰和崇拜，以及對來世的關懷，也沒有經曆過一些宗教家——包括中國近代的洪秀全和康有為都有過的那種與神靈直接感通的宗教體驗，它僅僅是將經康有為改造的孔子學說或思想奉為教理，作為信仰的對象，賦予孔子教主的地位，是一種無神的宗教。①而在1902年否定保教思想中，梁啟超的宗教觀念則產生了一個根本性的變化，對宗教的本質有了全新的認識，開始接受西方“religion”一詞的含義，明確將宗教與一般的思想和學說區別開來，將宗教僅僅局限在對神道的信仰上，指出：“西人所謂宗教者，專指迷信宗仰而言，其權力範圍，乃在軀殼界之外，以靈魂為根據，以禮拜為儀式，以脫離塵世為目的，以涅槃天國為究竟，以來世禍福為法門。諸教雖有精粗大小之不同，而其概則一也。”②換言之，宗教離不開對神靈等超自然力量的信仰和崇拜、對來世的關懷和相應的宗教儀式與組織等三個要素。正是從西方“religion”這一概念出發，梁啟超對保教主張做了自我否定，指出孔子與教主不同，他是“哲學家、經世家、教育家，而非宗教家也”;孔子既沒有“如耶穌之自號化身帝子”,也沒有“如佛之自稱統屬天龍”,“孔子人也，先聖也，先師也，非天也，非鬼也，非神也”,批評保教的根本失誤在於“不知宗教之為何物”,“誤解宗教之界說”。③由此，梁啟超在宗教觀念上實現了從無神宗教到有神宗教的轉變，或者說實現了從佛教典籍中所說的“宗教”觀念到近代西方“religion”觀念的轉變。