漢代的經學在流傳過程中，出現了今古文之爭。
所謂今文經，是指用漢代通用的隸書寫下的經典；古文經，則是用秦漢以前通行的古文大篆寫下的經典。秦始皇焚書，將民間的詩、書、百家語等焚燒殆盡。秦亡時，項羽一炬，又使秦宮所藏典籍蒙受重大損失。漢惠帝除挾書之令，殘存典籍得以複出。起初傳習的經典是經生們用隸書傳抄的本子，後來民間私藏的經典的古文原本逐漸出現，這兩種本子內容本來就有差異，經生們世代師承的解說更有很大分歧。“它們的不同，不僅在於所書寫的字，而且字句有不同，篇章有不同，書籍有不同，書籍中的意義有大不同；因之，學統不同，宗派不同，對於古代製度以及人物批評各各不同；而且對於經書的中心人物，孔子，各具完全不同的觀念。”[35]大體說來，今文經學繼承先秦諸子遺風，欲以其道術經緯天下，主張通經致用。他們注重對微言大義的闡釋，講述的重點是曆史哲學和政治哲學。古文經學在章句訓詁典章名物上多所用心，重曆史而不重哲學，傾向於承擔保存與傳布文獻的責任。他們各得一端，為誰得儒學真傳的問題展開了論爭。這一論爭從西漢末年開始，延續到清朝末年，直到現在學界仍有不同的看法。
漢代今古文的爭論，史書上明白記載的有四次。
哀帝以前，立在學官的《五經》及各家學說，都是今文。劉歆在校理國家圖書時，發現了一些古文經傳，建議立《左氏春秋》、《毛詩》、逸《禮》、古文《尚書》於學官。哀帝令劉歆與五經博士討論，諸博士不願理睬。劉歆請求丞相孔光支持，孔光又不肯。劉歆便寫了一封《移讓太常博士書》，申明自己的見解。信中論述：今文經傳經秦火之後，已殘缺不全，而且有的著作雖由經師口耳相傳後成書，畢竟不如當時筆錄之書可信。古文經傳或出於孔子宅壁（古文《尚書》、逸《禮》），或作者親見孔子（《左氏春秋》），都信而有征。這封信因否定了當時經學傳承家法，引起諸儒怨恨。名儒光祿大夫龔勝憤而上書辭職，大司空師丹奏告劉歆改亂舊章，非毀先帝所立。劉歆在強大的壓力下，自求外放，出為河內太守，古文經傳自然不得立於學官。王莽篡漢，劉歆以佐命之功被立為國師，因為古文經適應王莽改製的需要，上述四部經典才被立於學官。這是第一次爭論。