清前期中國傳統的醫藥學得到了進一步發展，主要表現是傳統醫學理論的研討更加深入，新的藥物品種不斷出現，溫病學派形成等。
一、傳統醫學理論
在中醫學理論的總結方麵，《內經》、《難經》、《傷寒論》、《金匱要略》等著作占有重要地位。《內經》是戰國至秦漢許多醫家搜集、整理的著作，包括《素問》和《靈樞》兩部分。《內經》認為人體本身是一個整體，人體結構各部分互相聯係；人和天地自然也是一個整體，人和自然環境密切相關。這些見解奠定了中醫學理論的基礎。《難經》也是戰國秦漢時期的著作，對《內經》中的81個問題進行了討論，一定程度上發展了中醫藥學的理論。《傷寒論》是東漢張仲景所作，該書總結了傷寒等急性熱病的辨證論治原則和方法。《金匱要略》也是張仲景所作，論述了內、外、婦、兒科等方麵的疾病病因、治療原則、預防方法等。上述四部中醫學著作，是曆代學習中醫的必讀著作，集中反映了中醫學的理論基礎。[22]清前期傳統醫學的理論發展，主要表現在對以上著述的闡釋和注解方麵，又有了新的進步。
張誌聰，字隱庵，浙江錢塘人。從順治朝中期到康熙朝初期40年間，他和中醫界誌同道合者一起，參考以往中醫藥文獻，認真討論，相互切磋，在此基礎上，注釋《素問》、《靈樞》二經，得《素問集注》和《靈樞集注》二書。在這二部書中，張誌聰“集諸家之說，隨文衍義”，闡明了以往許多醫學家所忽略或回避的疑難問題，發展了《內經》中的理論見解。他還注釋了《傷寒論》和《金匱要略》，特別是注釋《傷寒論》，曆時20年，多次修改才最後定稿。張誌聰指出：“風傷衛，寒傷營，脈緩為中風，脈緊為傷寒。傷寒，惡寒無汗，宜麻黃湯；中風，惡風有汗，宜桂枝湯：諸說未盡當。而風、寒兩感，營、衛俱傷，宜大青龍湯為尤謬。”[23]上述見解，對人們認識傷寒病及其治療有新的啟示，也是對中醫藥關於傷寒理論的發展。張誌聰還對《本草綱目》做了詮釋，本五運六氣之理，闡明藥性，從而發展了《本草綱目》中的某些見解。