針對統治階級推行封建專製主義和提倡理學，清前期一些學者高揚批判封建專製主義和理學的大旗，發出了時代的呐喊。與此同時，他們強調研究學問要和社會實際相結合。
黃宗羲像
首先是批判封建專製主義，代表人物有黃宗羲、唐甄、錢大昕和龔自珍等。黃宗羲在《明夷待訪錄》一書中，對封建專製主義進行了猛烈的批判，提出封建君主是“寇仇”和“獨夫”。他指出，封建君主為了自己的**樂，不惜荼毒天下肝腦，離散天下子女，敲剝天下骨髓，因而是天下的“大害”。黃宗羲痛斥封建君主專製製度下的法令不是天下之法，而是一家之法，因而也是非法之法。他還主張，不應以天子是非定是非，因為天子之所是未必是，天子之所非未必非。黃宗羲還明確提出“貴不在朝廷，賤不在草莽”[9]，公開否認皇室的特權地位。
唐甄在《潛書》中，把封建君主看作是殺人的劊子手和罪惡的淵藪。他先是否定了君主的神聖地位，認為君主和平民一樣也是人，進而指出自秦以來，帝王都是賊，都是屠殺百姓的劊子手，清代的帝王也不例外。應當怎樣對待這些殺人的君主呢？唐甄主張用極刑處置他們。[10]
錢大昕對封建專製主義的批判是通過考史論學的形式進行的。眾所周知，在封建社會中，君主的地位至高無上，弑君被認為是大逆不道。錢大昕在議論春秋時代弑君頻仍的曆史時，卻指出，那些被殺的君主都是無道昏君，如果君主賢明，就不會產生亂臣賊子。他反問說：“君誠有道，何至於弑？”[11]
龔自珍對封建專製主義的批判，表現在他寫的一組政論文《明良論》中。他揭露批判了封建專製主義之下的君臣關係，指出：專製君主把臣下看作犬馬，專製製度好比一根繩索，捆綁著官吏的手足。官吏們則是以犬馬自居，毫無廉恥，隻知道醉心利祿，諂媚君主。不管是文臣武將，平日隻知道吟詩作畫，貪戀於車馬服飾，一旦國家有事，則四處逃奔。在《乙丙之際箸議》、《尊隱》、《平均篇》等文章中，龔自珍還把清前期社會演變的趨勢分成亂世、衰世、治世等幾個階段，指出道光朝已是衰世階段，隨之而來的將是亂世。龔自珍批判說，在封建專製主義之下的衰世，不僅缺乏有才能的將相，而且也沒有有才能的士、農、工、商，甚至盜賊也都是低能兒。所以出現這種情況，正是封建專製製度扼殺了人們的聰明才智，混淆了一切善惡美醜，使人們是非不辨，黑白不分。龔自珍還把封建專製下的社會比作為吃人的老虎，認為隻有變革社會，才能改變這種吃人的狀況。為此，他大聲疾呼：“九州生氣恃風雷，萬馬齊喑究可哀。我勸天公重抖擻，不拘一格降人才。”[12]