新文化運動雖肇端於1915年9月《青年》雜誌的創刊，但它真正得以發舒，並進而掀起洪波巨瀾，卻是始於1917年初蔡元培出任北京大學校長並將陳獨秀諸人及《新青年》引進學校。“五四”前的蔡元培，沒有直接介入新舊派的論戰，甚至也沒有發表過直接表態支持新文化運動的文章；但他卻頂住了舊勢力攻擊所謂“覆孔孟、鏟倫常”所帶來的巨大壓力，勇敢地保護了陳獨秀諸人。人所周知的蔡元培著名的分別致《公言報》和林琴南的公開信，以及他為保護陳獨秀不惜拍案而起，反映了這一點。陳獨秀說：“蔡先生自任校務以來，竭力擴充，而各方麵之阻力亦日大，如安福俱樂部當權時，即無日不思與北大反對，蔡先生之精神力用之於對付反對者三分之二；用之於整理校務者，僅三分之一耳。”[1]胡適也說，自己在北大得到了蔡校長的大力支持：“他是一偉大的領袖，對文學革命發生興趣，並以他本人的聲望來加以維護”，[2]同樣反映了這一點。也惟其如此，梁漱溟以下的論斷便自有其合理性：“所有陳、胡以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未畢必能作；然他們諸位若沒有蔡先生，卻不得聚攏在北大，更不得機會發舒。聚攏起來而且使其各得發舒，這畢竟是蔡先生獨有的偉大。”[3]足見，“五四”前的蔡元培，其主要的貢獻之一，便在於充當了新文化運動的庇護人。
值得注意的是，1920年初蔡元培在《新青年》上發表了著名的短文《洪水與猛獸》。他將新思潮即新文化運動形象地比作洪水，將軍閥比作猛獸，以為中國現狀可算是洪水與猛獸鬥，“要是有人能把猛獸馴服了，來幫同疏導洪水，那中國就立刻太平了”。胡適在發表是文的“附記”中強調，這是“很重要的文字，很可以代表許多人要說而不能說的意思”。[4]羅家倫則稱之為“光芒萬丈的短文”。[5]筆者以為，是文公開號召支持新思潮以反對軍閥，固屬難能可貴；但它以洪水比喻新思潮的“洪水”論，同樣值得重視。在蔡元培看來，新思潮似滔滔洪水，來勢勇猛，把舊日的習慣衝破了；同時，猶如水源太旺了，泛濫岸上，難免衝毀了田廬。對付洪水，禹用導法，使歸江河，結果不但無害，且得灌溉之利。對於新思潮，也不能湮，隻能導，令其自由發展，自然有益而無害。蔡元培的“洪水”論，耐人尋味：既將新思潮比作洪水，他實際上便是預設了它難免有自己誤區的前提；強調“來幫同疏導洪水”，很顯然，他也不單是強調支持新思潮的自由發展，而是同時強調了積極引導的必要性。要言之，強調對新思潮即新文化運動要加以積極正麵的引導，這是蔡元培“洪水”論的根本取向；從整體上看，它是“五四”後蔡元培推進新文化運動發展策略轉變的重要思想表征。