在蔡元培與陳獨秀珠聯璧合，共同推進新文化運動之前，二人的思想進路，同中有異。這一點，是我們理解前者在新文化運動中個性獨具的重要切入點。
1912年7月，蔡元培辭去教育總長，留學德國。在歐期間，他先後參與發起組織世界社、華法教育會等。包括稍後的留法儉學會在內，這些團體的目的都在於“相與致力於世界之文化”，“俾青年子女，得吸收新世界之文明，而進益於社會”。[1]蔡元培經曆過戊戌政變，深感康、梁的失敗，歸根結底，端在不先培養革新人才，而欲借少數人成事，故堅信致力於人才培養之教育，乃是救國之不二法門。[2]1916年9月，教育總長範源濂邀蔡元培歸國出長北京大學，不少友人以為北大腐敗，不足與為，力勸婉拒；但他深思之後，仍毅然應命。他在致友人信中說：“在弟觀察，吾人苟切實從教育著手，未嚐不可使吾國轉危為安。而在國外所經營之教育，又似不及在國內之切實。”[3]足見其著眼點，仍在看重教育。曆史證明，蔡元培是對的，他抓住了曆史的機遇。
與此同時，陳獨秀以自己獨特的思考，同樣也抓住了曆史的機遇。1913年“二次革命”失敗後，他先亡命上海，次年應章士釗之邀，至日本助其編輯《甲寅》雜誌。陳獨秀一度思想消沉，但終在李大釗激勵下，決心重新奮起。他對汪孟鄒說：“讓我辦十年雜誌，全國思想都全改觀。”[4]第二年，他果然創辦了《青年》雜誌，開創了思想界的新紀元。有趣的是，蔡元培與陳獨秀不約而同，都曾撰文反思“袁世凱現象”，以為它反映了國人集體無意識中的思想痼疾。但前者強調，“振而起之，其必由日新又新之思想，普及於人人，而非恃一手一足之烈”。[5]這自然舍教育莫由；後者則強調，“吾國思想界不將此根本惡因鏟除淨盡，則有因必有果”。新青年“勿苟安，勿隨俗，其爭以血刃鏟除此方死未死餘毒未盡之袁世凱一世，方生未死，逆焰方張之袁世凱二世，導吾可憐之同胞出黑暗而入光明！”[6]這自然是端在辦雜誌，以訴諸激烈的思想批判和輿論宣傳。陳獨秀所謂“讓我辦十年雜誌，全國思想都全改觀”，其命意也在於此。