《愛彌兒》是一部關於教育的哲理小說，它一問世就給盧梭帶來了災難。
1760年的一天，盧梭把剛剛脫稿的《愛彌兒》讀給盧森堡元帥夫人聽。元帥夫人雖然對這部書興趣不濃，但還是幫助盧梭聯係出版，過了一段時間，盧梭收到盧森堡夫人寄來的和書商訂的合同讓他簽字，他仔細辨認了由官員核準留下的筆跡，便滿懷信心地簽了字，隨後還收到了書商預付的一部分酬金。
本以為事情已經辦妥了，但早已付印的《愛彌兒》卻遲遲未能出版，盧梭朦朧中預感到有些不妙。1761年，《愛彌兒》總算出版了，但並沒有引起像他別的作品出版時所博得的那麽熱烈的喝彩聲。很多人都隻是私下裏稱讚這本書。甚至有評論家暗示盧梭將因此書而遭到災難。盧梭因為在書中抨擊傳統的教育製度、宣傳自然神論而得罪了教會。但盧梭卻堅定地相信，這本書是為了人類的幸福而寫的，各個方麵都合乎規定，還有盧森堡夫人的全力支持，怎麽會受到指責呢?所以，雖然有不安，盧梭卻並沒有意識到事情的嚴重性。直到盧森堡夫婦告訴他，議院已經決定用最嚴厲的方式對盧梭進行起訴，盧梭才決定逃亡。自此，盧梭開始了他的逃亡生涯。他本想回到自己的祖國去的，但那裏反對盧梭的勢力也很強大，尤其是那篇《論人類不平等的起源和基礎》在日內瓦議會引起了強烈的仇恨心理。最後，盧梭決定逃往瑞士。
1762年，法國議會正式裁決，認定盧梭的《愛彌兒》為異教邪說，尤其是書中所主張的依照自然來教育兒童，隻有自然才能使兒童成為有道德的人等觀點。此外，盧梭還認為一切宗教都是平等的，沒有宗教信仰的人一樣能得救，人們應該由自己的理性引導去接受宗教信仰。這些觀點，對18世紀的歐洲來說，無疑是對統治階級的一種挑戰，他的平等自由思想，也無疑是煽動革命的種子。所以最高法院判決將《愛彌兒》燒毀，並立即簽發逮捕令，要將盧梭打入監牢。