隨著自身理論思考的深入以及廣泛的實踐積累，赫爾巴特更加希望在真實的學校與課堂中檢驗和完善自己的各種主張。在普魯士公共教育部部長、著名教育家洪堡的支持下，赫爾巴特在柯尼斯堡大學成立了一所教育學院。學院的宗旨是通過以赫爾巴特教育學為基礎的教學實習為文法學校培訓教師。在創辦之初，赫爾巴特還想附設一所小規模的寄宿學校，但因資金有限而擱淺。直至1818年，各方麵的條件略有改善，赫爾巴特才在政府支持下購得一所房產創辦了實驗學校。
然而，隨著拿破侖戰爭的結束，湧現出的教育改革熱情逐漸消退。普魯士當局雖然願意聘用赫爾巴特所培訓的文法學校教師，但這些教師卻不得不遵從一套按不同的目標和觀念設計的教學大綱。以教育性教學精神改革學校教學大綱的意願，即使曾經一度有過，現在也不複存在了。③赫爾巴特通過實驗而製訂的一套文法學校教學方法因此未能在全國推行。1833年4月，赫爾巴特重回哥廷根大學任教，擔任哲學學院的院長。1835年，他出版了《教育學講授綱要》,對先前的《普通教育學》作了補充和進一步闡述。赫爾巴特對教育事業非常執著,直到1841年8月14日突然昏迷致死的前兩天，他還照常講演哲學和心理學。
當代世界教育史學界對赫爾巴特教育思想的評價可謂眾說紛紜。康斯坦丁諾夫說，赫爾巴特在哲學、政治學、心理學、教育學等一切領域內都是反動的。麥克英雷說，赫爾巴特是新亞裏士多德。古德說，赫爾巴特是教育學新體係的建築師。米定斯基說，赫爾巴特是試圖把教育學當作科學規律建立起來的第一個教育理論家。……事實上，就赫爾巴特本人來說，他既不是當時政治舞台上的政治活動家，也不是什麽社會活動家。他隻是終生從事大學教育，進行教育科學研究的一名學者。