新學製的最好處，是把中等教育分為兩小段，最少亦可使前一小段的全人陶冶多普及幾分。
——林礪儒：《本校編製三三製學則課程之經過大略》
在“全人格”教育思想的指導下，林礪儒對北師大附中進行了著名的“六三三”學製改革。錢學森等一大批傑出人才在中小學階段打下了良好的基礎，既得益於林礪儒的“全人格”教育，又得益於“六三三”新學製的實行。這次的新學製改革始於1922年，標誌著我國基礎教育與世界接軌，在真正意義上邁開了基礎教育現代化的步伐。林礪儒是此次改革的旗手，領導師生在摸索中前進，一切規章製度、課程，都是自己製定，自己試行。教材內容也是由本校教師自定、自編、自選。林礪儒勤於實踐、勇於創新，將全部的心血傾注於學校的工作中，終於使這次改革結出豐碩的果實，為中等教育開拓出一條嶄新的道路。
在談到這次新學製的改革時，林礪儒說：“中學時代，少年男女氣質未定，教育的可塑性很大，應著眼於少年期的生活引導。”“新學製的最好處，是把中等教育分為兩小段，最少亦可使前一小段的全人陶冶多普及幾分。”“中等教育，恰位於全教育曆程之中段，其職分應在完成人的陶冶，以厚其個性發揮之根基。”[12]
對高中學生是否分文理科，林礪儒也有精心的考慮。他說：“我們的高級中學普通科，隻分為第一及第二兩部。此所謂第一第二部，即含有一般所謂文科理科的意思……學文科的人，對於理科的知識太外行；學理科的人，對於文學又太隨便：這是近日的通病。我們要矯正這點毛病，所以第一第二兩部，雖各有所注重，而第一部有必修的數理等科，與第二部有必修的文學科，都是要把普通的基礎打廣些。我們認定高級中學普通科的效用，是完成最高的普通教育，同時做升學的基礎。所準備的就是最高的普通基礎。至於某種專門學問的準備學科，我們以為應屬於大學份內事。所以隻分第一第二兩部，而放大選修科的活動範圍聽其發展個性。各種選修科目裏麵，隱然寓有分門之意。惟不明立分門名稱，而聽自由選擇。自然的依其個性而分道揚鑣，當較諸多之門係者更為有效。”[13]