聽這樣的課，真是最高的科學享受。
——錢偉長：《懷念我的老師吳有訓教授》
1928年，吳有訓前往歆慕良久的清華大學，他長達二十多年的教育之路於此發軔，在中學時重視實踐與學思結合、一專多能的教育理念也在這裏得到繼承。
吳有訓初到清華物理係時，全係共有三名教授，其他兩人是葉企孫先生和薩本棟先生，物理係還屬草創時期。吳有訓主動請纓教授普通物理學課程。因為物理學的基礎性和理論性強，不容易為一般人所了解，要一個青年選定物理學作為他一生工作和奮鬥的目標是比較困難的。為了打好學生的基礎，在學生進大學時，必須讓他們先把普通物理學這一課學好。普通物理學是一門重頭課，課堂大，學生多，每班分兩組，同一課題的內容，每次要講兩遍，教師是很辛苦的，但吳有訓總有辦法使講課引人入勝，把學生帶入繁花似錦的物理園地。他上課嗓門大，準備充分，選材精練扼要，科學性和邏輯性強，說理深入淺出。
關於吳有訓講課時的情形，清華大學物理係1928級學生赫崇本回憶[2]說：我們當時已經知道吳先生做過一些很重要的工作，稱得上是一位有成就的物理學家了，大家猜測著他會不會在一堂課上講出一些深奧難懂的道理來，但沒料到開課後，吳先生首先提出了一個似乎頗為簡單的問題：皮球落地後為什麽能反彈起來？大部分同學回答說是因為皮球有“彈性”，但這個“彈性”到底是什麽呢？沒有人能說出個所以然來。吳先生讓大家認真地想一想，並啟發性地說：皮球自己能彈起來嗎？就這樣，吳有訓耐心地使大家都明白了這是因為地麵的“反作用”所致。通過這個例子，吳有訓告訴年輕的學生們這樣的道理：學習精密科學的人，一開始就應養成用科學的語言描述事物的習慣，隻有這樣，才能保證思維的清晰和條理性，將問題分析透徹。吳有訓就是這樣，在教學中注重基本概念，啟發學生從簡單的事實中悟出較深刻的道理。清華物理係第七屆學生，後來的全國政協副主席錢偉長也回憶說：吳老師講課與眾不同，從不帶講稿，不照本宣科，而是每堂課講一個概念，從曆史的發展講起。人們怎樣從不全麵的自然現象和生產經驗中，得到一些原始的、往往是不確定的概念，之後從積累的生產經驗中發現有矛盾，又怎樣從人們控製的有意安排的實驗中來分辨這些矛盾概念的正確和錯誤，從而得出改進了的概念。在進一步的實驗中，又發現這種概念的不完備性和矛盾，再用人為的實驗進一步驗證和分辨其真偽。這種人類對物理學界的認識，以及利用這種認識來提高我們的生產水平和滿足生產需要的各種事實，激發了同學們對知識的追求和探索，使同學們掌握學習的正確道路。聽這樣的課，真是最高的科學享受。