《清儒學案》共208卷，上起明清之際孫奇逢、黃宗羲、顧炎武，下迄清末民初宋書升、王先謙、柯劭忞，一代學林中人，大多網羅其間。不惟其內容之宏富超過先前諸家學案，而且其體例之嚴整亦深得黃宗羲、全祖望之遺法。盡管其主持者徐世昌未可與黃宗羲、全祖望這樣的一代大師比肩，然而書出眾賢，合諸家智慧於一堂，亦差可追蹤前哲，相去未遠。
《清儒學案》卷首，有《凡例》17條，全書主要內容及編纂體例，皆在其中。茲逐條分析，以觀全書概貌。
第一條雲：“是編以從祀兩廡十一人居前，崇聖道也。自高匯旃以下，則以生年為次。不得其年者，則以其生平行誼及與交遊同輩約略推之。不以科第先後者，例不能括也。《全唐詩》以登第之年為主，於是文房遠在李、杜之前，浩然遠在李、杜之後，豈其所哉！”在舊時代，從祀孔廟，乃儒林中人身後殊榮。有清一代，得此殊榮者凡九人，以雍正間陸隴其肇始，依次為湯斌、孫奇逢、張履祥、陸世儀、張伯行、王夫之、黃宗羲、顧炎武。民國初，在徐世昌任總統期間，複以顏元、李塨從祀。此條所雲11人，即由此而來。而《學案》中此11人之具體編次，則未盡依從祀先後，而是以生年為序。卷1孫奇逢《夏峰學案》，卷2黃宗羲《南雷學案》，卷3、卷4陸世儀《桴亭學案》上下，卷5張履祥《楊園學案》，卷6、卷7顧炎武《亭林學案》上下，卷8王夫之《船山學案》，卷9湯斌《潛庵學案》，卷10陸隴其《三魚學案》，卷11顏元《習齋學案》，卷12張伯行《敬庵學案》，卷13李塨《恕穀學案》。孫、黃等11人，皆清初大儒，如此編次，既避免了康熙間修《全唐詩》以科第為次所造成的年輩混亂，又與全書以生年為次的編纂原則相符，應當說大體上是允當的。