一如前述，《清儒學案》是一部集體協力的勞作，書出眾賢，集思廣益，從而保證了纂修的質量，使之成為繼《明儒學案》和《宋元學案》之後，又一部成功的學案體史籍。然而，由於曆史和認識的局限，加以晚期亟待成書，未盡琢磨，所以《清儒學案》又還存在若幹值得商榷的地方。茲掇其大要，討論如後。
（一）徐世昌《清儒學案序》的未盡允當處
《清儒學案序》撰於1938年，雖執筆者未確知其人，但既以徐世昌署名，則功過皆在徐氏。徐氏此序，可商榷者有二：其一是對康熙帝學術地位的評價問題，其二是應當怎樣看待社會的進步問題。
康熙帝不惟是清代開國時期功業卓著的帝王，而且也是整個中國古代並不多見的傑出政治家。他於繁忙的國務活動之暇，數十年如一日，究心經史，研討天文曆法和數學，則尤為難能可貴。然而，康熙畢竟隻是一個國務活動家，而非以治學為業的學者。因此，評價其曆史功業，就當從大處著眼，不可把他等同於一般學者來論究。《清儒學案序》於此本末倒置，對康熙帝的所謂學術成就隨意溢美。序中，不惟認為他生前“於當時著作之林，實已兼容並包，深造其極”，稱之為“天縱之聖”，而且假述他人語斷言：“清代之達人傑士，悉推本於聖祖教育而成。”並雲：“聖祖之教，涵育於二百年。”[1]極意推尊，言過其實，顯然是不妥當的。
辛亥革命，終結帝製，這是中國曆史上一次翻天覆地的巨變，其意義遠非以往任何一次改朝換代所能比擬。民國建立之後，中國社會日益卷入國際潮流，社會生活的各個方麵都在衝擊腐朽的桎梏而大步前進。這本來是一樁十分令人欣喜的事情，而徐世昌的序文則與之唱為別調，聲稱：“盱衡斯世，新知競瀹，物奧偏明，爭競之器愈工，即生民之受禍益烈。狂瀾既倒，孰障而東！”用這樣的眼光去看待社會和總結曆史，當然就難免曲解曆史，作出錯誤的判斷。我們讚賞徐世昌以《清儒學案》述一代學史的業績，但於其間包含的不健康情調，則沒有任何理由去肯定。“狂瀾既倒，孰障而東”雲雲，豈非螳臂當車！挽歌一曲，哀鳴而已！