全祖望的齎誌而歿，使《宋元學案》的編訂頓告中斷。之後，時日遷延，董理艱難，直至80餘年之後，始於道光十八年（1838年）得以刊行。其間，全氏弟子、黃氏後人以及王梓材、馮雲濠等，或庋藏，或抄謄，或補輯，眾人勞作，多所用力。
（一）全氏弟子的庋藏和抄謄
全祖望故世之後，所編訂之《宋元學案》遺稿，一並為其門人盧鎬收藏。盧鎬，字配京，號月船，以乾隆十八年舉人，官山西平陽府學教諭。祖望病逝，鎬辭教職返鄉，潛心於其師《宋元學案》遺稿的整理、謄清。他與黃宗羲裔孫璋為友，相約共成《宋元學案》。據所寫《和姚江黃稚圭見贈原韻》一詩雲：“南雷正學源流長，亭林、夏峰遙相望。甬上前賢多入室，蕺山俎豆傳馨香。小泉翁既不可作，典型無複如中郎。遺書散漫孰收拾，末學執卷增彷徨。區區校勘力未及，敢效束皙補《詩》亡。覃思幸借下帷容，助我尚賡求友章。何期雙瀑老孫子，枉顧不勞置鄭莊。黃茅白葦正彌望，忽見秀幹方崇強。秋雨閉門共商榷，足本擬續續抄堂。從今剞劂庶可望，告成五緯重輝煌。”詩中，盧氏有自注雲：“梨洲先生《宋元學案》，經耒史、謝山兩先生續葺，尚未成書，稿本今在餘處。久思補完之，不及也。”鎬注且稱：“君力任與餘共成《學案》，謀即入梓。且欲續成《宋文鑒》，索餘《平園》、《攻媿》諸集。”[1]盧鎬因之曾將全祖望撰《序錄》及底稿20冊寄黃璋，他亦收到黃璋所寄其祖百家纂輯稿。盧氏雖有誌《宋元學案》的編訂，但其師遺稿謄錄僅及半數，便告去世。後來，鎬外孫黃桐孫曾將書稿攜往安徽、廣東，試圖覓得知音，以成祖誌。無奈董理乏人，隻好璧還盧氏後人庋藏。
全祖望生前，弟子雖多，但往往學成而宦遊於外，獨蔣學鏞家居授徒。祖望所訂《宋元學案》稿，即有一部藏於蔣氏，其中且有全氏手稿，彌足珍貴。據見過這個本子的王梓材稱：“顧其本多與盧氏本複，然其不複者如張南軒弟子李悅齋真傳、徐宏父弟子趙畤隱希傳，謝山著錄甚詳。吉光片羽，皆可寶貴，不得以殘本少之。其本帙尾有六十卷之目，是謝山未定《序錄》時之目，或耒史所編之目也。”[2]