既然公正的司法救濟對於跨省水汙染受害人而言是至關重要的，那麽，現有的司法製度安排是否足以為受害人提供公正的救濟呢？答案顯然是否定的。
有鑒於此，有學者提出由海事法院對跨界的水汙染案件進行管轄的設想。[9]部分全國人大代表和全國政協委員也提出建議跨流域水汙染案件由海事法院專屬管轄的議案。[10]本文認為，由海事法院對跨省水汙染糾紛進行司法救濟，既是必要的，也是可行的。
（一）現行司法救濟體製在解決跨省水汙染糾紛中的局限性
1.普通法院的局限性
1996年《水汙染防治法》第26條，2008年《水汙染防治法》第28條規定：“跨行政區域的水汙染糾紛，由有關地方人民政府協商解決，或者由其共同的上級人民政府協調解決。”對此，呂忠梅教授認為：“在對跨區域水汙染處理方麵，僅設立行政調處製度，排斥司法處理的進入，使得司法功能在處理此類糾紛中無從發揮作用。”[11]但這條規定的本意隻是為跨界水汙染的處理提供了一條行政解決的途徑，它並沒有否定跨界水汙染的受害人提起損害賠償訴訟的訴權。“跨行政區域水汙染糾紛……在法律意義上都可以通過政府協商解決，也可以依法通過司法訴訟解決……不排除……有關人民政府協商之後，繼續通過訴訟方式解決跨行政區域的水汙染糾紛。”[12]事實上，普通法院已經處理過一些跨省水汙染損害賠償案件。
因此，問題的關鍵不在於普通法院是否能夠處理跨省水汙染案件，而在於它們是否能夠處理好跨省水汙染案件。《民事訴訟法》規定：“因侵權行為提起的訴訟，由侵權行為地或者被告住所地人民法院管轄。”由此，跨省水汙染的受害人應當到侵權行為地或者被告住所地人民法院提起訴訟。但問題在於，侵權行為地或者被告住所地的人民法院是否能夠公正、及時地解決跨省水汙染糾紛？