在分析通過海事法院解決跨省水汙染糾紛的優勢之前，我們應當先探究跨界水汙染糾紛產生的背景。在此基礎上，我們才能理解為何現行的以行政區劃設置的普通法院難以公正地解決跨界水汙染糾紛。
事實上，地方保護盛行，一直是中國跨界水汙染的主要原因。絕大多數情況下，跨界水汙染事件的發生，是因為上遊省份相關政府部門執法不嚴導致的——有時甚至是故意的。以征收排汙費為例，“排汙費”被很多環保部門稱為“開門錢”，排汙費的數額與環保部門的業績、待遇等息息相關。由於排汙費主要是按汙染物的濃度和數量收費，排汙越多，收費也越多。因此，“一些地方的政府部門為了增加排汙費的征收數量，便不積極督促排汙企業治理汙染。特別是在排汙隻汙染下遊、不汙染本地的情況下就更是如此。”[5]更有甚者，一些地方政府不惜以鄰為壑，“故意將一些重汙染企業布置在沿河邊界地區，下遊居民雖然苦不堪言，但對這種行為卻無力製止。這樣犧牲下遊環境發展本地經濟，雖然在區域整體看來得不償失，但對上遊行政區來說是利大於弊的，這些領導也往往因為經濟的迅速發展顯得政績突出。這種由於缺乏約束政策導致的跨界汙染必然會引起相鄰行政區之間的矛盾，極易引發環境糾紛。”[6]
其實，“地方政府基於地方利益的考量而殆於履行職責，是極其自然的。”[7]這種“地方保護主義”並非中國特有的現象，在法治水平極高的美國，同樣存在類似的問題。“在經濟利益的驅動下，當地管製執行官員對當地汙染者造成他州，而不是本州汙染時，執法會相對寬鬆。新近研究證明當地執法部門對行政邊界地區的企業采取了相對寬鬆的管製，造成了跨州界汙染。”[8]
鑒於跨省水汙染糾紛引發的社會問題日益突出，地方各級人民政府加強了對跨省水汙染糾紛的行政處理，建立了一些雙邊或者多邊協商的機製。例如，2007年5月，泛珠三角區域福建、江西、湖南、廣東、廣西、海南、四川、貴州、雲南9個省區和香港、澳門兩個特別行政區環保部門的負責人匯聚湖南省長沙市，原則通過了《泛珠三角區域跨界環境汙染糾紛行政處理辦法》。2008年4月，雲貴川藏渝等西南5省（區、市）及相鄰地區共計11個省（區、市）在四川省成都市共同簽署《西南地區及其相鄰省區市跨省流域（區域）水汙染糾紛協調合作備忘錄》。中央層麵上，環境保護部在全國設立了六大督查中心，承辦跨省區域和流域重大環境糾紛的協調處理工作。2008年8月，環境保護部還發布了《關於預防與處置跨省界水汙染糾紛的指導意見》。