1909年，科南特在中學的最後一年，布萊克推薦他在哈佛化學係就讀，並建議他直接學習二年級的化學課。科南特認為，他進入哈佛學院是十分幸運的，他並不是所有科目均優秀，他隻有在物理和化學方麵是A,在代數方麵他的成績隻是B,但當時入學時大學並不關心這點。到了1960年，學校的招生人員就會看申請者的所有成績，會考慮候選人如果隻是在科學方麵具有特長的話是否能適應大學的學習。
布萊克對科南特給予了很高的期望，認為科南特可以在三年內修完化學係四年的課程。科南特沒有讓啟蒙導師失望，他在哈佛化學係的表現可以用優異來形容。在大學一年級的時候，他就常在化學課上和高年級的學生討論問題。因此他進入哈佛不久，就感到自己成為了哈佛大學的一部分，而不像一些同學那樣進入大學後要適應幾年。在高級化學課程中，他的表現如同高年級學生和一年級研究生一樣。當他進入大學第四年時，他的化學圈子已經包括那些即將獲得博士學位的人。實際上，在他獲得學士學位之前，在化學圈子裏，他已經有了一兩個獲得研究生學位的朋友，科南特的姐姐、母親和在哈佛的兩個表親都很關心他的大學生活。當時哈佛大學要求每名學生都要學習數學或者哲學。作為化學係的學生，科南特學習了微積分，但在母親的督促下他還選修了哲學。科南特的兩個表親在大學中十分熱衷於參加課外活動，他們建議科南特去競聘哈佛本科生日報《哈佛深紅》(Harvard Crimson)編輯委員會的成員①,雖然他未當選，但在大學二年級時，他最終加入了一個對成員挑選十分嚴格的文學俱樂部。在這裏他極大的開闊了自己的視野。在這個俱樂部，大家談論各方麵的問題。科南特認為，這裏的討論在擴大他興趣方麵幾乎比在哈佛聽到的所有選修課都重要得多。