鄭成功的父親叫鄭芝龍，泉州南安人。鄭芝龍的父親叫鄭紹祖，曾做泉州庫吏。有一天，鄭芝龍在門口玩，投了一個石頭，那石頭不左不右，正中府官蔡善繼的額頭。蔡善繼發怒了，即刻派人把鄭芝龍抓了起來。那時鄭芝龍年齡還很小，生得眉清目秀，十分可愛。蔡善繼見他儀表堂堂，說：“這小孩子的相貌生得極好，長大了可不得了。”
隨即把鄭芝龍放走了。
後來，鄭芝龍又得罪了父親，被父親趕走了。他乘船逃到了日本，在平戶住了一年，後來他乘船去玄海灘的時候，被海賊所劫。海賊的頭子叫顏振泉。他帶了一些日本的遊民，占擄了台灣。
那些強盜有幾十寨，每寨有一個寨主。後來，恰好一個寨主死了，鄭芝龍便成了寨主。有一天，有人來報告，海中有四隻大船，是從暹羅來的，船中裝滿了貨物。於是他們派了很多強盜，去劫了那些船。顏振泉分了一大半給鄭芝龍，從此鄭芝龍便富了起來。
顏振泉死後，大家想要再推選一個人做頭領，他們一時難以抉擇，於是決定啟用一種類似巫術的方法來選擇首領：按五行和幹支方位設立祭壇，中央擺放瓷壇，內中盛滿白米，將寶劍的劍尖衝下，豎直插到米中，眾人輪番上前祭拜。一一祭拜過之後，寶劍紋絲不動，隻有當鄭芝龍拜倒之時，膝蓋剛沾地，尚未挨緊地麵，白米中的寶劍便一躍而起，飛懸在半空中，然後落地。最後大家一致推選鄭芝龍為首領。從此，他便開始橫行海上。
他開始做生意，把蘇州、杭州、南京、北京的貨物運到海外各國去賣。
他常常在日本平戶一帶往來。日本有一個鬆浦侯，很喜歡他，給了他一所房子，後來鄭芝龍娶了一個日本女子田川氏為妻。二人在明熹宗天啟四年（1624年）七月生下了鄭成功。