鄭芝龍是一個有勇無謀的人。擁立唐王，也不是他自己的意思。鄭芝龍與那些文臣政見不合，時常鬧意見，又想到明朝江山已經失去了大半，這樣偏安一隅，終非久計。當時的清朝命投降的臣子洪承疇招撫江南，命黃熙胤招撫福建。他們兩個人都是晉江人，是鄭芝龍的同鄉，隻是並沒有見過麵。鄭芝龍萌生了投降清朝之意。
鄭成功對於父親的想法是不讚成的。隆武帝也知道鄭芝龍不可靠，可是又沒有法子奈何他。有一天，鄭成功上朝，見隆武帝一個人正在發愁。隆武帝看見鄭成功後忍不住大哭起來。
鄭成功跪下來，說：“陛下鬱鬱不樂，莫非因為臣的父親有不忠之心嗎？臣受了國家的厚恩，絕對不會背叛國家。臣一定誓死保護陛下。”
後來，浙江失守，清兵打過來，隆武帝屢次叫鄭芝龍出兵，但他帶兵出關後就停在半路，不肯向前。隆武帝下詔責怪他：“你要是畏縮不前，自然有國法責辦你。”
鄭芝龍接到詔書後帶兵走了六十裏路，就又不肯再向前了。
於是隆武帝隻好自己帶兵，駐紮建寧。後來，隆武帝又到了延平府，封鄭成功做忠孝伯。
順治三年（1646年）三月，清兵渡過錢塘。鄭芝龍聽到這個消息說：“海寇到了，非臣自己出征不可。”
他帶兵渡海到了安平。
隆武帝決定到江西去，但鄭芝龍不肯。他故意叫軍民好幾萬人在路上阻攔皇帝的車駕。同時，鄭芝龍上表，勸皇帝留在福建。隆武帝沒有辦法，隻好留了下來。
同年八月，清兵進入仙霞關。這裏地勢險要，是浙江與福建交界，是兵家必爭之地。可是清兵來的時候，仙霞嶺幾十裏以內，並沒有一兵守關。於是清兵大搖大擺地**。隆武帝聽說清兵來了，便從延平逃到了汀州。八月二十八日，隆武帝還是被清兵捉住了。