南明永曆元年（1647年）二月，鄭成功帶兵從南澳到鼓浪嶼，鼓浪嶼與廈門一衣帶水。鄭成功在島上供起“高皇帝牌位”，立誌恢複明朝江山。這一年，鄭成功攻海澄並沒有勝利，又攻打泉州，雖然打敗了提督趙國祚，但因為清朝的援兵，並沒有把泉州打下來。次年三月，他帶兵攻下同安。之後再次進攻泉州，但依舊沒有成功。
當時的廈門和金門都屬於南安，是半島。鄭彩霸占了金門，鄭聯霸占了廈門。有一天，鄭成功秘密同他的部下商議說：“這兩個海島，都在我們臥榻的旁邊，怎麽能夠容他人酣睡？”
八月十五，中秋節。
鄭成功趁著鄭彩離開廈門的時機，前往廈門拜訪鄭聯，鄭聯大意並未設防，慘遭刺殺身亡。不久，鄭彩得知鄭聯的死訊，更加不敢與鄭成功作對，回到廈門便將兵權都交了出來，鄭成功自此接收了鄭彩、鄭聯大部分的部隊。鄭成功的勢力，變得強大了起來。
順治九年（1652年），清廷因為鄭成功不肯投降，便叫鄭芝龍寫信去勸他。第二年，又封鄭芝龍為同安侯，鄭成功為澄海侯。可是鄭成功不肯受功，清廷拿他無可奈何。
順治十一年（1654年）六月，清廷再派人到鄭成功那裏勸他投降，許給他很高的官職，並且讓他仍舊在原處駐兵。同時又拿他父親恐嚇他，若他不肯投降，就重辦鄭芝龍。可是鄭成功誌向已決，除了恢複明朝江山以外，沒有別的念頭。清使回來以後，清廷知道鄭成功不會投降，便把鄭芝龍一家人送到了寧古塔，讓他們受種種的刑罰。
鄭成功得知這個消息，雖然也十分難過，但相比國家，他也隻好硬起心腸來。
十二月，鄭成功率兵攻打泉州，十縣都打了下來。鄭成功的勢力，一天天地壯大起來，他把部下的兵，分為七十二鎮，又設立了種種機要部門：