元明的學術思想，是承宋人之流的。在當時，占思想界的重心的，自然還是理學。理學是起於北方的。然自南宋以後，轉盛行於南方，北方知道的很少。自元得趙複後，其說乃漸行於北。元時，許衡、姚樞等，都號為名儒，大抵是程朱一派。隻有一個吳澄，是想調和朱陸的。明初，也還是如此。到公元十五六世紀之間，王守仁出，而風氣才一變。
王守仁之說，是承陸九淵之緒，而又將它發揮光大的。所以後來的人，亦把他和九淵並稱，謂之陸王，和程朱相對待。守仁之說，以心之靈明為知。為人人所同具。無論如何昏蔽，不能沒有存在的。此知是生來就有的，無待於學，所以謂之良知。人人皆有良知，故無不知是非之理。但這所謂知，並非如尋常人所謂知，專屬於知識方麵。“如惡惡臭，如好好色”，知其惡，自然就惡，知其善，自然就好。絕非先知其惡，再立一個心去惡；先知其好，再立一個心去好的。好之深，自然欲不做而不能自已。惡之甚，自然萬不肯去做。所以說“知而不行，隻是未知”，所以說知行合一。既然知行就是一事，所以人隻要在這知上用工夫，就一切問題，都解決了。時時提醒良知，遵照他的指示做；莫要由他昏蔽，這個便是致良知。如此，憑你在“事上磨煉”也好，“靜處體悟”也好。簡單直捷，一了百了。這真是理學中最後最透徹之說，幾經進化，然後悟出來的。
講理學的人，本來並沒有教人以空疏。但是人心不能無所偏重。重於內的，必輕於外。講理學的人，處處在自己身心上檢點，自然在學問和應事上，不免要拋荒些，就有迂闊和空疏之弊。程朱一派，注意於行為，雖然迂闊空疏，總還不失為謹願之士。王學注重於一心——在理學之中，王學亦稱為心學——聰明的人，就不免有猖狂妄行之弊。本來猖狂的人，也有依附進去的。其末流流弊，就大著。於是社會上漸漸有厭棄心學，並有厭棄理學的傾向。但這所謂厭棄，並不是一概排斥，不過取其長，棄其短罷了。在明末，顧炎武、黃宗羲、王夫之三先生，最可以為其代表。