中國曆代，對北方的用兵，大概最注重於蒙古。新疆地方，是不煩兵力而自服的。至於青海、西藏，則除唐代吐蕃盛強之時外，無甚大問題。而蒙、新、海、藏相互之間，其關係亦甚薄弱。自喇嘛教新派——黃教盛行以後，青海、蒙古，都成了該教的區域；而天山南路，因回教盛行，團結力亦較前為強；而此諸地方，近代的形勢，遂較前代又有不同。
黃教始祖宗喀巴，以一四一七年，生於西寧。因舊派末流，頗多流弊，乃入雪山修苦行，自立一派，而黃其衣冠以示別。人因稱舊派為紅教，[1]新派為黃教。黃教的僧徒，是禁止娶妻的。所以宗喀巴遺命，其兩大弟子達賴喇嘛、班禪額爾德尼，世世以呼畢勒罕，[2]主持宗教事務。因西藏人信教之篤，而達賴和班禪的威權，遂超出乎政治勢力之上。馴致成為西藏政教之主。一五五九年，蒙古酋長俺答，[3]遣其二子賓兔、丙兔，襲據青海。兩人亦都信了喇嘛教。一五七九年，俺答遂自迎達賴三世到漠南布教，是為喇嘛教化及蒙古之始，其後蒙人信教日篤，乃自奉宗喀巴第三大弟子哲布尊丹巴呼圖克圖居庫倫。而達賴五世，曾通使於清太宗。清太宗亦有報使。至世祖入關，遂迎達賴入京，封為西天大善自在佛。而清人借宗教以懷柔蒙、藏的政策，亦於是乎開始。
因喇嘛教的感化，使漠南北遊牧民族獷悍之氣潛消。向來侵略他人的，至此反受人侵略，而有待於中國人的保護，這亦是一個新局麵。衛拉特，就是元時的斡亦剌，明時的瓦剌。當清初，其眾分為四部：曰和碩特，居烏魯木齊。曰準噶爾，居伊犁。曰杜爾伯特，居額爾齊斯河。曰土爾扈特，居塔爾巴哈台。時紅教還行於後藏。後藏的藏巴汗，為其護法。達賴五世的第巴[4]桑結，乃招和碩特固始汗入藏，擊殺藏巴汗，而奉班禪居劄什倫布。是為達賴、班禪，分主前、後藏政教之始。於是和碩特部徙牧青海，遙製西藏政權。桑結又嫌惡他。再招準噶爾噶爾丹入藏，把固始汗的兒子達顏汗襲殺。其時噶爾丹業已逐去土爾扈特，又把杜爾伯特懾服了。至此，遂統一衛拉特四部，其勢大張。