根據不同情況，法醫解剖可以分為以下四個種類。
①司法解剖。這是對凶殺案或有他殺嫌疑的屍體進行解剖，為警方提供破案線索。司法解剖以刑事訴訟法為基礎，不須經過家屬同意，屬於強製執行。對於“犯罪嫌疑人不明的殺人案件”，遺體也屬於罪案調查的重要對象之一。
②調查法解剖。這是對身份不明的遺體和不確定是否與犯罪行為有關的遺體進行解剖，防止犯罪分子逍遙法外。調查法解剖以《日本死因身份調查法》為依據，需要得到死者家屬的同意。
③承諾解剖。這是在監察醫製度執行區域（東京都23區、大阪市、神戶市等個別地區）之外，為了查明與犯罪行為無關的遺體的死亡原因，在得到死者家屬的同意之後進行解剖。承諾解剖由全國各大學的法醫學教室負責執行，以《日本屍體解剖保存法》為依據。
④監察醫解剖。這是在監察醫製度執行區域之內，為了查明與犯罪行為無關的遺體的死亡原因而進行的解剖。監察醫解剖由監察組織負責執行（不在大學的法醫解剖室進行），以《日本屍體解剖保存法》為依據，基本上不需要得到死者家屬的同意。
在電視劇裏有時候會出現監察醫的角色，但監察醫實際上是以監察這一組織的形式來實施解剖的。
當警方認為存在犯罪行為的時候，就會進行司法解剖。即便警方認為不存在犯罪行為，但在死者身份不明或者死因不明的情況下也會進行解剖。在這個時候，會根據實際的情況進行調查法解剖、承諾解剖、監察醫解剖的其中之一。
東京都23區、大阪市以及神戶市執行監察醫製度。在這些地區，異常死亡但與犯罪行為無關的遺體由監察醫負責解剖。監察醫在對遺體進行檢查後開具死亡診斷書，即屍體檢查報告。