盡管如願成為拉馬西亞的孩子，但梅西在“紅藍軍團”最初的日子裏，並不算萬事順遂：比賽中，梅西總試圖用個人盤帶解決問題，但堅持傳控傳統的主帥博雷爾，並不欣賞新手下的單打獨鬥。而在場外，俱樂部為梅西一家在卡洛斯三世大街租下了一棟豪宅，4個臥室2個衛生間、外加遊泳池的配置，以及為豪爾赫安排的一份月薪3900歐元的工作，尤其是付給梅西的12萬歐元年薪，還是令不少高層連呼奢侈。
盡管不會說加泰羅尼亞語的梅西，幾乎和隊友沒有溝通，但法布雷加斯和皮克已經感受到了被梅西支配的恐怖，前者幾乎無法從梅西腳下搶走球，而皮克的回憶更加不堪回首：“犯規？我根本沒法接近他！”然而，盡管在球場上無所不能，場下的梅西還是那個害羞、敏感的男孩。更衣室裏，他會因為搗蛋鬼皮克偷走了自己的衣服急得團團轉，而每次給母親賽麗婭打去電話，梅西必定都會邊哭邊訴苦。
不過，困擾少年梅西的最大麻煩，在他和巴薩簽約後不久便煙消雲散。在經曆了29個月的生長激素注射後，梅西的身高長到了1.62米，雖然依然瘦弱、體能無法堅持整場，但已勉強夠得上足球運動員的體格下限，也日漸在球隊的343陣形中站穩了主力前腰的位置。2002-2003賽季，巴薩一度跌落到降級圈，遭遇了21世紀以來的最低穀，但15歲的梅西和巴薩U16一道奪得了所有參加賽事的冠軍，尤其在加泰羅尼亞杯最後數場關鍵賽事裏，在德比戰與皇家西班牙人足球俱樂部（以下簡稱“西班牙人”）U17隊的比賽中，因對方後衛粗暴犯規顴骨骨折的梅西，7天之後就戴著麵具重新首發，但這個尺碼偏大的麵具讓梅西備感不適，在一把扔掉麵具後，梅西幹脆利落地梅開二度，為巴薩U16後來居上登頂投下了最重的一顆砝碼。