根據《基金會管理條例》規定，基金會設置秘書處，秘書處在秘書長領導下工作，組織實施理事會決議和章程賦予的其他職權。秘書長應當為專職，可以擔任理事；不擔任理事的秘書長則應列席理事會。
理事會成員不參與管理團隊的日常工作，除非對緊急意外情況的處理。所以秘書長是理事會領導下基金會管理的第一負責人，在國外的職務一般稱首席執行官或者總裁。
理事會與管理層的關係，見表5-1。
表5-1 理事會與管理層的關係(30)
職能秘書長理事會
發展決策組織實施、執行理事會的各項決議決策
發展規劃起草戰略規劃審議
工作計劃擬定年度計劃和預算審議
團隊管理組建秘書處及執行團隊支持
理事會成員通常都承擔著多項商業、社會職務，如果不能在重大事項上與基金會管理層保持有效溝通，則很難保證執行團隊按照既定的戰略方向行進。尤其對於家族基金會，一項重要的獨特使命包括家族價值觀、使命、願景的傳承，這更要求基金會發展與家族特色保持一致，這也是保證家族長期支持、可持續運營的重要一點。因此有的家族基金會會選擇家族相關企業的高管，他們與創始人在商業上有長期的信任關係，有的會邀請家族下一代承擔管理重任，作為培養繼承人的手段。不過更多的情況下，是聘請公益慈善界專業人士擔任秘書長。
與其他類型基金會的秘書長相比，家族慈善基金會的秘書長需要兼顧和平衡好捐贈家族、基金會以及社會三方麵的權益，能夠清晰地界定個人、家族、基金會以及社會四者“權、責、利”的邊界，並妥善處理好它們之間的關係。所以，家族慈善基金會秘書長既需要過硬的專業能力，又要認同家族的慈善理念和價值觀，具備事業心、責任感乃至犧牲精神，以及謙遜而堅韌的性格特質。