微軟公司在軟件市場所向披靡，自然樹敵就會很多，競爭對手對它的一舉一動盯得很緊，在其所到之處布下了重重陷阱，從1994年到1995年，它所涉及的官司接連不斷。
1994年7月16日，美國司法部下了一道命令，要微軟公司與聯邦委員會達成庭外和解，不再控告微軟公司違反壟斷法條例，破壞自由競爭的罪名，但是，微軟公司接受的條件是必須改變它推銷軟件的手法。
而隨著微軟在美國的不斷壯大，在矽穀的電腦公司間的司法糾紛已成為司空見慣的事情，而微軟公司可能是被控告最多的公司，大大小小的電腦公司都想控告微軟公司。
1988年，蘋果電腦公司控告微軟，聲稱微軟Windows 2．0版的“外觀與感覺”抄襲蘋果的圓形界麵產品。微軟打贏了這場官司，而後的許多年，微軟與蘋果被視為死對頭。然而，《洛杉磯時報》電腦專欄作家查理斯·皮勒有不同的見解：“微軟十分高興能從麥金托什電腦的應用軟件上獲取巨大利潤——這可以從微軟最近承諾投入5年心血發展麥金托什辦公室軟件(MacOffice)，以及它在蘋果投資1億5千萬美元看得出來。而且，盡管電腦工業仍需要蘋果作為創新的刺激，並維持蘋果與IBM操作係統競爭的概念，蓋茨其實希望蘋果繼續存在，成為避免司法部進一步采取反托拉斯行動的護身符。”
但是，麵對對手的攻擊，比爾·蓋茨沒有停止腳步，仍是那麽鍥而不舍地開創市場，開發新產品。1997年，消費者權益提倡者洛夫·內德在華府興辦一場反微軟會議。蓋茨拒絕到場致詞的邀請時，內德指控他“拒絕對會議上提出的議題表態……他仍然囿於虛擬現實，對於一般大眾挑戰他公司的濫權和脅迫，卻渾然不知”。
蓋茨聲稱，那群批評者是以私利為出發點的，而他不會被動地被抨擊：“我們的確有若幹競爭對手，他們選擇資助這種事，並鼓動這類活動，為的是在競爭市場阻撓微軟。”