由於農業、手工業和交通運輸業的發展，統一的貨幣在全國流通，元代的商業也很活躍。但國內外貿易主要控製在政府和貴族、官僚、色目商人手裏。
元時在全國範圍內使用了紙幣。全國貨幣實現統一，促進了經濟交流商業也很發展；但元朝統治者通過濫發紙幣彌補財政赤字，對社會經濟的發展又起著阻礙作用。
政府對國內許多商品采取專利壟斷政策，其形式各不相同，部分金、銀、銅、鐵、鹽等，由政府直接經營；茶、鋁、錫和部分鹽等，由政府賣給商人經銷；部分金、銀、鐵等礦業，以及酒、醋、農具、竹木等，由商人、手工業主經營，政府抽分。天曆年間，鹽課鈔年收入達766萬一千餘錠，約為全國財政收入之半。民間貿易收商稅，大體三十取一。
至元十四年（1277年），元開始在各口岸設立市舶司經營海外貿易。市舶司初建時，仍遁南宋舊製治事，其間奸弊叢生。市舶官吏貪贓枉法，直接影響了國家的市舶收入。至元二十八年（1291年），元朝政府著手製定市舶法則，兩年後頒布“整治市舶勾當”。延祐元年（1314年），又頒布了新的市舶法則二十二條。市舶法則對市舶司的職責做了明確規定，包括辦理船舶出入港的手續、舶貨的檢驗收存、舶貨的抽分和納稅等等。市舶司由行省管轄、每司設提舉兩人。征收舶稅和市舶抽分時，往往有行省高級官員前往督察。元朝政府原定市舶抽分額為舶貨精品十中取一，一般舶貨十五取一，後在抽分之外又規定了三十取一的舶稅。
延祐元年（1314年），元朝政府提高抽分額，精品十中取二，一般舶貨十五取二。市舶抽分和征收舶稅，成為元朝政府的重要財源之一。因市舶法則較嚴密，抽分征稅苛刻，所以舶商“漏舶”（不按規定交納抽分和舶稅）之弊十分嚴重，元朝政府曾一度禁止民間市舶，改為官府出資造船，以期壟斷海外貿易，所得利潤官府取七成，經辦人取三成。但這種方法未能奏效，隻好取消市舶之禁。當時與中國建立海道貿易關係的國家和地區數以百計，進口的舶貨種類繁多。經市舶司允許出口的商品則主要是紡織品、陶瓷器等日常生活用品。