沙眼衣原體是革蘭氏染色陰性的原核細胞型微生物，含RNA與DNA，有完整的細胞壁，但缺乏ATP酶，必須寄生在宿主細胞內，利用被感染細胞的能量進行代謝與增殖。沙眼衣原體可吸附於細胞表麵，通過吞噬作用進入宿主細胞。當其處於細胞內期時，迅速繁殖，可形成典型的胞漿內包涵體。
沙眼衣原體可引起女性泌尿生殖道感染，可引起宮頸炎、急性輸卵管炎、急性宮內膜炎等。孕婦感染沙眼衣原體後常無特異性的臨床表現，多無症狀或症狀輕微。
胎兒感染衣原體後可引起自然流產、死胎、早產、低體重等。被衣原體感染的新生兒，一般在出生後2周內出現結膜炎症狀，眼結膜有漿液性、膿性分泌物，病程可長達3個月，未治療者可形成角膜疤痕、角膜翳，影響日後視力。還可導致新生兒肺炎，初期表現為上呼吸道感染症狀，鼻塞、流涕、氣促、單聲咳嗽、發燒等。