對孕婦感染衣原體的處理取決於妊娠期限。
若在妊娠早期衣原體PCR檢測陽性，或同時特異性抗體陽性者，因可能導致胎兒及新生兒感染，故非迫切要求生育者，最佳的處理方案是終止妊娠。人工流產術前、術後均用抗衣原體的藥物。
妊娠中、晚期合並衣原體近期或活動性感染者必須積極治療。可用紅黴素片或阿奇黴素片，每6小時口服1片，連服7天。
無論分娩前有無衣原體感染，如無他它方麵的剖腹產指征，均可爭取經**分娩。新生兒出生後常規進行臍血檢測，如確診存在衣原體感染，應給予紅黴素或阿奇黴素全身治療，以預防衣原體結膜炎與肺炎的發生。