由上可見，秦漢醫學和董仲舒的“天人感應”論，有著共同的自然科學基礎和建構體係的方法。董仲舒“天人感應”論是時代風尚的反映，是自然科學發展到一定階段的必然結果，也是秦漢社會思潮發展的必然結果。當然，毫無疑問，董仲舒和秦漢醫學的天人感應思想，有著明顯的區別，主要表現為以下幾點。
第一，天人感應的關係不同。在秦漢醫學，特別是《黃帝內經》中，天、人固然可以相應，但主要是以人應天，天可影響人體，人體不能影響天。強調的是客體的獨立性，以及由此決定的主體適應客體的必然性，而不是相反。董仲舒則認為天、人之間互感互應，天可影響人的機體，人的機體也可影響天;人要與天相副，天也必須與人相應，強調的是主客體間的對等關係，特別是人的主體性。
第二，理論的純粹性和明晰度不同。秦漢醫學雖然也用類合數偶的方法去連接天、人，論證係統的和諧與統一，但隻是不自覺地運用而已，還未上升到方法論的高度。董仲舒則明確地將其作為一種方法論原則來使用，有很強的理論自覺性。秦漢醫學認為，陰中有陽，陽中有陰，二者互相包含，可以轉化，體現了其理論的辯證性和思想的寬容度。董仲舒卻強調陰陽的相互區別，不相屏雜，陰陽皆純。“陰之中相為陰，陽之中亦相為陽”[238]的論點，在於說明“丈夫雖賤皆為陽，婦人雖貴皆為陰”的社會關係，表現了其理論為政治服務的純粹性和明晰度，同時也表現了它的僵化、凝固和狹隘。秦漢醫學的基本精神是科學，以醫療實踐為立論基礎;董仲舒“天人感應”論則隻是利用醫學材料，科學和迷信夾雜，迷信窒息了科學。
第三，天人感應的目的不同。秦漢醫學重在用天、人相通來尋跡查蹤，由因求果，由果證因，為辯證治病提供依據。董仲舒“天人感應”論的終極目的，是為王權神授的政治理論服務。