方法和依據綜上可見，陰陽五行不僅是秦漢醫學和董仲舒天人感應思想體係的骨架，而且是二者建構理論的方法和依據。顯而易見，以陰陽五行為理論核心的秦漢醫學和董仲舒的“天人感應”論，具有三個共同的特征：天、地、人貫而參通之的整體觀念；同類相通的天人感應思想；建立在經驗直觀基礎上的直觀類推方法。進一步申論，則可明顯看出董仲舒“天人感應”論與秦漢醫學有著密切的關係，質言之，可看出漢代哲學與醫學的關係。
首先，秦漢醫學和董仲舒的“天人感應”論，都是從事物的聯係入手，借事物的類同和類感而運用類比推理進行推導，構築自己的理論體係。天、人能夠相互聯係和感應，其根本原因在於二者都有同類別的陰陽之氣和五行屬性，皆按相同序列的五行之次運轉，以求得整體的動態平衡。由類同而導致類感，由類感而進行類推，從而收到由表及裏、由此知彼的效果；把萬物、萬象組合在以陰陽五行為骨架的係統中，以構築其理論體係，實現其理論的實際功能，這是秦漢醫學和董仲舒“天人感應”思想的共同點。這表明，秦漢醫學與哲學，有著共同的理論架構和方法，在經驗直觀的思維方式基礎上，二者可以統一起來。
其次，秦漢醫學和董仲舒的“天人感應”論，都利用了生理病理知識和自然感應現象為其立論根據，並且都包含有牽強比附的內容和方法。認為天、人皆有陰陽五行，因而可以相參相應，且可與四時四方相配，與社會人事相聯，這是秦漢醫家和董仲舒的共同觀點。這種觀點的立論基礎，從根本上講，是同類感應的思想。早在《易·象傳》中就有“天地感而萬物化生”的說法。《莊子·徐無鬼》篇認為，鼓宮宮動，鼓角角動，是“以陽召陽，以陰召陰”，即同氣相召的結果。《淮南子》推導說：“物類相動，本標相應。故陽燧見日則燃而為火，方諸見月則津而為水。”[232]《黃帝內經》把人夙興夜寐的生理節律看做“與天地同紀”；“衛氣晝日行於陽，夜則行於陰。陰者主夜，夜者臥。……陽氣盡，陰氣盛，則目瞑；陰氣盡而陽氣盛，則寤矣。”[233]這些都是利用自然界客觀存在的類感事實論證自己的觀點，是符合實際的自然感應觀點。董仲舒講：“伍音比而自鳴，非有神，其數然也”，“其動以聲而無形”[234]，這是從聲學角度解釋樂器的共振共鳴現象。他還揭示了“雞至幾明而鳴而相薄”，以及“病者至夜半疾益甚”[235]的現象與自然節令相應的道理。這表明董仲舒天人感應思想利用了自然科學的材料，運用了日常生活中經驗範圍內的自然感應思想。在這點上，可以說，漢代醫學與哲學是“共根”的。