早年隨舒煒光教授學習科學哲學時就曾遇到不解難題，何謂科學哲學？[1]我們知道，科學哲學的英文名為“philosophy of science”，但這個術語充滿了歧義，這種歧義不僅關涉對科學哲學的理解，而且還關涉對“何謂哲學”“何謂哲學與科學的關係”等一係列相關問題的理解，這個問題還涉及事實與價值、意見與思想、常識與觀念、知識與智慧等人類理解的重大問題。難怪哲學家們對這些問題大多退避三舍，對這些問題的解答不是寫一兩篇論文或一兩本書就能解決的，要耗掉一個思想者畢生的精力，除非像維特根斯坦那樣的哲學天才。
對於“philosophy of science”這個英文名，通常我們把它理解為以科學為對象的哲學，相當於“philosophy on science”或者“philosophy studying about science”，如果這樣定義科學哲學的話，我們就會遇到如何理解哲學這一更大的難題，這可能意味著，任何一種哲學都有資格研究科學，我們既可以用邏輯經驗主義來思考科學問題，也可以用其他的什麽主義來研究科學問題，如用黑格爾哲學來研究科學問題。這樣一來，科學哲學就不限於維也納學派，從古希臘到後現代的所有哲學流派都有資格進行科學反思，都可以稱之為科學哲學，實際上，哲學史上確實出現過這樣理解的科學哲學，如畢達哥拉斯的“數論”，亞裏斯多德的“物理學”及其“形而上學”，笛卡爾的“第一哲學”，康德的“純粹理性批判”，黑格爾的“自然哲學”等，都曾經作為反思科學的哲學，也都有資格被稱之為科學哲學。這與邏輯經驗主義“拒斥形而上學”的思想旨趣嚴重不符。顯然，這種理解的“philosophy of science”幾乎沒有什麽意義。推而廣之，這種以研究對象來命名的任何研究都不值得嚴肅對待。正如像亞裏斯多德、笛卡爾、羅素那樣同時精通科學與哲學的大家可以研究科學哲學一樣，那些像黑格爾、海德格爾等[2]不懂科學為何物的人，也可以從某種哲學觀出發對科學指手畫腳，盡管這種哲學本身並沒有多少科學性，也未必適於進行科學反思。甚至還有一些既不懂科學又沒有哲學理念的人，僅僅憑借對科學的反思或議論，也可以標榜為進行科學哲學研究。顯然，這種理解的科學哲學不僅無益，而且貽害甚深。很遺憾，這種理解的科學哲學竟然居學術主流。[3]