哲學與科學不同，但不能對立。法國托馬斯主義的主要代表馬利旦起初認為隻有科學可以解決人們所關心的問題，但後來對這種唯科學主義的幻想破滅，入法蘭西學院師從柏格森，以後改宗天主教。這種由科學到哲學、再到神學的道路，對個人而言是自由的，但從思想史的角度看是一種曲折的道路，是一種倒退。正確的道路應該是哲學與科學的結合，建立以科學為基礎的哲學，以哲學為指導的科學，讓它們相互促進，共同繁榮。
人們對智慧的理解是不同的。宗教家們把宗教智慧理解為最高智慧，例如基督教的智慧、印度佛教的智慧。至於希臘哲學的智慧是人的智慧，是低一等的智慧。其實，隻有哲學智慧即人的和關於人的智慧才是真正的智慧。中國哲學的特點也是它的優點，就是最少宗教性，最多煙火氣，是真正關於人生的智慧。
神學的智慧與哲學的智慧不同。神學的智慧是超人的，它以神的絕對存在為前提，探求世界的神學起源，認為如果沒有上帝，事物的存在是無法理解的，世界本身就是上帝存在的證明。當然這種證明是最廉價的，但又是最難駁倒的，因為世界在任何一個時間段上都有無數的未知的東西。哲學的智慧是人的和關於人的智慧，它起源於人與事物之間的關係，是對客觀世界以及人與世界的關係的探求。例如古希臘哲學開始於可感的、具體的、實在的事物，是對世界現象統一性、對世界本性的思考。而中國哲學則更多地思考人的存在的意義和價值。
哲學不能歸結為人學，但哲學決不能脫離人，與人無關的哲學是毫無價值的。哲學的境界是人的境界，是人能達到的境界，而不是超凡入聖的非世俗世界。真正的哲學總是使人麵對世界，給人以生存的勇氣和智慧，而不是教人如何脫離人世，遁入天國，把現實世界當成虛幻的世界。後者所謂的智慧不是對問題的解決而是對問題的逃避。從根本上說這很難說是智慧，而是把頭埋在沙堆裏的鴕鳥的做法。作為一個神學家，馬利旦並不排斥哲學的智慧，他很讚揚希臘的哲學，說希臘哲學具有人類的共同的尺度。它是一種嚴格的哲學的智慧，這種智慧並不是宣稱要引導我們達到與上帝的合一，而僅僅引導我們獲得對宇宙的理性知識。但奧古斯丁則貶低科學，抬高神學，認為神的智慧是借助最高的理性才能認識的，而科學則是在創造物的幽光中借助低等的理性所認知的。