任何事物都有自己的內在結構。社會結構就是社會諸要素之間的關聯方式。作為一種關聯方式和聯係網絡，社會結構的基本內容就是人與人之間的社會關係。在對社會的分析中，馬克思從社會的表層結構深入基礎，從基礎結構發現人與物和人與人的兩種關係，從而揭示出社會的深層結構以及轉換結構，然後又把認識倒過來，從社會的深層結構出發揭示表層結構，從而創立了其獨特的社會有機體結構分析法。
社會有機體的運動是由其深層結構所規定的。社會的深層結構是指社會工藝結構，即“社會人的生產器官”。“達爾文注意到自然工藝史，即注意到在動植物的生活中作為生產資料的動植物器官是怎樣形成的。社會人的生產器官的形成史，即每一個特殊社會組織的物質基礎的形成史，難道不值得同樣注意嗎？”[10]在馬克思看來，自然工藝學研究動植物器官的形成，而作為關於“社會人的生產器官”的社會工藝學能夠揭示“人對自然的活動方式，人的物質生活的生產過程，從而揭示出社會關係以及由此產生的精神觀念的起源”[11]。社會工藝學方法就是以“社會人的生產器官”的分析，即以生產工具的分析為出發點的。
馬克思把生產工具劃分為“自然產生的工具”和“文明創造的工具”兩大類，同時又把“文明創造的工具”區分為三種：一是“人的機體的工具”，它決定著手工製造業的活動方式；二是機器——“工具機的工具”，它決定著大工業的活動方式；三是有自動發動機的機器係統，這是現代化大工業的活動方式。在馬克思看來，生產工具不僅決定著生產方式，而且從根本上決定著社會關係。“手推磨產生的是封建主的社會，蒸汽磨產生的是工業資本家的社會。”[12]這就是說，在不同的時代，新的生產器官在不同層次上滋生出來，由此形成了新的生產方式以及新的社會關係。因此，“勞動資料不僅是人類勞動力發展的測量器，而且是勞動借以進行的社會關係的指示器”[13]。隻有從“社會人的生產器官”出發才能把握社會有機體的結構。