魏晉南北朝隋唐時期的史學，在思想領域方麵異常活躍，不論是對曆史的認識還是對史學的認識，都提出了許多新問題。關於對史學的認識，有南朝梁人劉勰所撰《文心雕龍·史傳》篇，是討論史學問題較早的專文，這樣的專文在唐代逐漸多了起來；盛唐時劉知幾所著《史通》，是討論史學問題最早的係統著作，它在中國史學發展上產生了深刻的影響。關於對曆史的認識，情況要複雜得多。這是一個大變動的時代，也是一個大發展的時代，許多重大曆史問題提到了當時的政治家、思想家、史學家麵前，在激烈的思想鬥爭中推動了曆史思想的進步。其中以關於神滅論、興亡論、封建論、民族論、人物論、帝王論這六個方麵的問題的討論和辯難尤為重要。
針對佛教的盛行和有神論思想的泛濫，南朝齊、梁之際的無神論思想家範縝曾與齊竟陵王蕭子良作不信因果的辯難，認為富貴貧賤，純屬偶然，非命中注定。其後，他又著《神滅論》，指出：“神即形也，形即神也，是以形存則神存，形謝則神滅也。”“形者神之質，神者形之用，是則形稱其質，神言其用，形之與神不得相異也。”此論一出，“朝野喧嘩”。齊竟陵王蕭子良發動僧俗名流數十人與之辯難而終不能屈，於是“子良使王融謂之曰：‘神滅既自非理，而卿堅執之，恐傷名教。以卿之大美，何患不至中書郎，而故乖剌如此，可便毀棄之。’縝大笑曰：‘使範縝賣論取官，已至令仆矣，何但中書郎耶！’”[10]在有礙“名教”的壓力和高官顯位的**麵前，範縝顯示出了理論上的堅定信念。有神無神，有佛無佛，是當時思想領域的大論爭。在這個論爭中，史學家也是壁壘分明的。略早於範縝的範曄，“常謂死者神滅，欲著《無鬼論》”，認為“天下決無佛鬼”[11]。而與範縝同時的沈約，在梁武帝發動“王公朝貴”六十餘人撰文圍攻範縝時，連續寫出了《神不滅論》、《難範縝〈神滅論〉》等文[12]，申言“神本不滅，久所服膺；神滅之談，良用駭惕”。這種思想上的分野，也反映在他們所撰的史書當中。