《通典》是中國史學發展中產生的一部巨製，是史學史上的一座豐碑。但是，它也不是沒有缺陷的。
首先，從曆史編纂來看。《通典》以一百卷即占全書二分之一的篇幅寫“禮”。其中“沿革禮”六十五卷、“開元禮”三十五卷，不僅失於重複，而尤其失於煩瑣。這固然同他那個時代門閥重禮的風氣有關，但畢竟是它最突出的缺陷。
其次，從曆史思想來看。在杜佑的曆史思想中，樸素的唯物觀點、樸素的辯證觀點和樸素的曆史進化觀點，是其積極的一麵。其消極的一麵，主要表現為“英雄史觀”，而與此相聯係的則是對人民群眾作用的漠視，並把人民群眾的起來造反斥為“群盜蜂起”。他說：“民者，瞑也，可使由之，不可使知之。審其眾寡，量其優劣，饒贍之道，自有其術。”在杜佑看來，人民群眾完全成了等待“賢者”、“聖者”恩賜的、消極的曆史因素。反之，那種“成王業興霸圖”、“富國強兵”的偉大事業，都是個別傑出人物造成的，而這樣的人物又是很難得出現的，以致漢代以降，“不可多見”[98]。這種把曆史的活動歸結為個別傑出人物活動的英雄史觀，不僅同杜佑自己說的“非今人多不肖，古人多材能，在施政立本使之然也”相矛盾，而且同唐初史家如魏徵等人對這個問題的看法相比也顯得遜色。
再次，從社會思想來看。《通典》從經濟製度和政治製度方麵對當時社會確有不少深刻的揭露，但也存在過分粉飾當時社會的一麵，如論唐代的刑罰說：“聖唐刑名，極於輕簡……如罪惡既著，製命已行，愛惜人命，務在哀矜，臨於剿絕，仍令數覆。獲罪自然引分，萬姓由是歸仁，感茲煦嫗，藏於骨體……國家深仁厚德，固可侔於堯、舜。夏、殷以降，無足征矣。”在這裏，嚴峻的法律，被說成是陽光雨露、“深仁厚德”。杜佑還替帝王執法中的“急於黎庶，緩於權貴”的屈法行為作辯護。在他看來，衣冠（士族）受刑，雖罪有應得，亦應為之“傷憫”；黎庶（匹庶）被戮，雖法不當罰，也無須為之“嗟歎”[99]。顯然，這同他所提倡的刑罰應當“無私無濫”，是相矛盾的。