李贄的主要撰述有《藏書》、《續藏書》，《焚書》、《續焚書》，前者是曆史評論著作，後者是詩文集而重於思想評論，它們在史學史和思想史上各有重要的地位。他還編有《初潭集》，合《世說新語》與《焦氏類林》成編，其批點、評論，也反映出他的哲學思想和社會思想。
《藏書》68卷、《續藏書》27卷，是李贄關於曆史人物評述的兩部著作。《藏書》取材於曆代正史，記戰國至元末約800個曆史人物。《續藏書》取材於明代人物傳記及有關文集，記明代萬曆以前約400個曆史人物。從曆史思想來看，《藏書》所包含的曆史評論的批判精神，具有突出的史學價值。李贄的曆史評論的批判精神，表現在以下幾個方麵：
首先，是表現在對曆史評價的理論認識上。李贄認為：“人之是非，初無定質；人之是非人也，亦無定論。無定質，則此是彼非並育而不相害；無定論，則是此非彼亦並行而不相悖矣。”[90]這是肯定了人們認識事物的“是”與“非”是可以同時存在的，不僅可以“並行”，而且可以“並育”，即促進認識的發展。李贄進而指出：漢、唐、宋三代，“中間千百餘年而獨無是非者，豈其人無是非哉？鹹以孔子之是非為是非，故未嚐有是非耳”。這是明確地提出，在曆史評價上，應當改變“鹹以孔子之是非為是非”的傳統價值觀念。在他看來，千百年中隻遵循孔子的是非為是非，就等同於沒有是非可言，更談不上“是”與“非”的“並行”、“並育”。李贄還認為：“夫是非之爭也，如歲時然，晝夜更迭，不相一也。昨日是而今日非矣，今日非而後日又是矣”，怎麽能以孔子的是非為定論呢。李贄提出的這些論點，在曆史評論的理論發展上，是一個重大的進步。唐代劉知幾曾大膽地提出“疑古”、“惑經”，表現出了他在曆史評論和史學批評上的批判精神。不過，他所“疑”之“古”、所“惑”之“經”，隻是就一些具體的史文和記載說的；而李贄則是從曆史評論的基本原則即曆史評價的標準上提出了異議。在魏晉南北朝隋唐時期，史學上曾有一派主張，即曆史撰述在形式上和思想上都應效法《春秋》。針對這一類主張，唐人皇甫湜提出：“是非與聖人同辨，善惡得天下之中，不虛美，不隱惡，則為紀、為傳、為編年，是皆良史矣。”[91]這是表明，作為“良史”，在曆史撰述上不必盡效法《春秋》。而李翱的《答皇甫湜書》也提出了“用仲尼褒貶之心，取天下公是公非以為本”[92]，作為曆史評價的原則。他們提出的“是非與聖人同辨”、“取天下公是公非以為本”的思想，反映了史家在曆史評論上自覺意識的增強。但是，所謂“善惡得天下之中”、“用仲尼褒貶之心”的不同價值原則，則又表明他們還沒有完全擺脫《春秋》思想的羈絆。李贄在前人的基礎上又前進了一大步，他主張在曆史評價的是非上，史學家應當有自己的是非標準，而要做到這一點，必須突破“鹹以孔子之是非為是非”的傳統觀念。盡管李贄在曆史評價的是非上帶有一定的相對主義的色彩，但這並不是他要宣揚的主要之點；要求突破傳統思想束縛的批判精神，畢竟是居於主導地位的。