任何事物都存在正、反兩個方麵，電子教材相對於紙質教材而言，毋庸置疑存在很多優勢，但無論是加大電子教材的推廣力度，還是取代紙質教材，必然帶來一些新的問題，這些問題對教育管理者、教師和學生等將形成了直接的障礙。具體可概括為以下幾個方麵：
1.移動終端的經濟成本
電子教材需要移動終端為載體，其一次性投入的經濟成本顯然遠高於紙質教材。這對於我國經濟狀況不發達的地區及家庭，將形成推廣應用的障礙，甚至帶來新的教育不公平。
不過，考慮到移動終端可容納的電子教材數量及其使用壽命，以及電子產品價位的不斷下降，在所有教材的總體投入上，電子教材反而要低一些。
2.技術有待提升
要真正滿足教學應用需要，電子教材在硬件技術方麵還有很大的提升空間。比如，作為電子產品，電子教材的使用需要電源作支持，這對電子教材的待機時間提出了要求，一旦電源耗盡，電子教材將無法使用而影響到教學。當前一些移動終端的電能還不足以維持一天的使用，而且每天都需要進行充電，這些都無疑增加了電子教材的管理維護成本。再如，其防摔性能較差，青少年在使用中稍不留心，受到擠壓或掉落到地上，屏幕容易碎裂，這會讓學生在使用時不能保持非常自然、放鬆的心態。
另一方麵，能有效支持電子教材開發的工具軟件數量有限，功能也比較單薄。盡管當前軟件市場有很多出色的可支持教育的應用程序，但要“取其精華”把它們集成到電子教材之中，將涉及知識版權、商業合作、軟件對接等諸多複雜問題。
3.數字閱讀需要有適應的過程
電子閱讀從形式到內容都與紙質教材有很大的不同，媒體格式多樣，在同一頁麵的內容並不一定像傳統書籍那樣從上到下、從左到右地“規則排列”，需要使用者適應多種媒體信息的獲取，調動多種感官同時進行“多通道”加工，否則難以形成深度閱讀，達到深度思考。這種閱讀能力並非與生俱來，而需要後天的學習和訓練形成。對於教師這些成人來說，很多人比較“迷戀”書籍的油墨清香味，習慣於用筆在紙上圈圈點點的閱讀方式。比起青少年這些“數字原住民”，需要給他們更長的適應時間。