電子教材作為一個較為複雜的係統，其設計和開發尤其需要以係統科學理論為指導。係統科學理論提供了整體原理、層次性原理、開放性原理、最優化原理等基本思想方法。電子教材開發時應注意整體策略、有序策略、開放策略和最優化策略。
（一）整體策略
整體原理強調，隻有通過相互聯係形成整體結構才能發揮整體功能。按照整體原理，各個要素相互作用、互相關聯，結合其他要素才能真正發揮其作用。
1.整體把握電子教材的應用價值
電子教材具有豐富的應用價值，不是靜態的“電子化+教材”。教材本身作為一個係統，由於技術要素的融入，其作為課程資源、教學工具的特點更加突出，而且隨著硬軟件、通信技術的進步，其價值也將不斷發生變化。例如，因為顯示屏幕有了多點觸控功能，學生能夠進行文字書寫、操作練習、虛擬探究等操作。然而不管如何變化，都需要把其整體價值放在首要的考慮位置，避免顧此失彼，為了突出某些方麵的優勢而使其他方麵受損。
以圖片為例，在教材中的作用通常包括以下一些方麵：美觀、渲染氣氛、活躍版麵；用作欄目的標誌；以圖代文，利用直觀信息說明問題，形象生動地說明或解釋內容；呈現實際生活中難以見到的物質或景象；增加內容的趣味性；顯現實驗儀器、裝置、現象、操作過程和方法；啟發思維、豐富想象等。因此，即使是增加一個圖片，也要考慮和論證它是否能為內容和效果服務。如果價值不大，可有可無，甚至反而可能造成幹擾，就一定棄而不用。
2.在創新與傳統之間尋找結合點和平衡點
電子教材開發在開拓和創新的同時，要發揚傳統閱讀、教學的經驗和優勢，適當照顧師生的傳統閱讀和技術操作習慣，平穩過渡和推進。對教師來說，電子教材的應用對其課堂組織和管理能力提出了更高要求。對學生來說，他們也必然需要一個適應過程。另外，對近年來紙質教材發展過程中在形式和內容方麵累積的經驗，不能漠然置之，完全從零起步，而應選擇吸收並結合信息技術進行優化使之發揚光大。