素質教育的概念一經提出，特別是中共中央、國務院《中國教育改革和發展綱要》中提出“中小學要由‘應試教育’轉向全麵提高國民素質的軌道”以後，引起了教育界的熱烈討論，討論中對素質教育的提法有幾種質疑。
教育理論界有些專家認為，素質是先天遺傳形成的，不可能由後天來培養。後天養成的是人的素養，而不叫素質。
有些專家認為，人的素質是中性的，人可能有好的素質，也可能有壞的素質，素質教育的提法欠科學。
有些教師提出疑問，我國已經有明確的教育方針，為什麽又提出素質教育的概念？是否要用素質教育代替教育方針？
許多第一線的中小學校長和教師不理解，甚至有些情緒，認為中華人民共和國成立40多年來我們的教育培養了千百萬人才，難道方向都錯了？現在要轉軌了？轉到哪裏去？他們為此感到困惑。
有些教師認為，應試能力也是一種素質，有考試就有應試，不能一概否定應試教育。
可見，當時的思想是十分混亂的。經過20年的討論，盡管在某些方麵還沒有達到完全一致的認識，但大體上得到某些共識。
首先，大家都承認十多年來我國教育中存在著片麵追求升學率的嚴重弊端，這種情況需要改變。2005年夏天，原國家教委副主任何東昌給胡錦濤總書記寫信，表達了對當前應試教育所造成的嚴重後果的擔憂。胡錦濤總書記十分重視，批示要進行調查研究。為此，中宣部、教育部、人事部、中國社會科學院、團中央等單位組織聯合調查，形成了數百萬字的調研報告，最後由教育科學出版社於2006年11月出版了《共同的關注—素質教育的係統調研》一書。該書總結了近些年來實施素質教育取得的主要進展，深入分析了當前製約推進素質教育的突出問題，歸納整理了各方麵提出的政策建議。