（一）學院製的積極作用
從實踐來看，醞釀於20世紀80年代，從90年代開始實施的高等學校內部組織結構調整對我國高等教育的發展起到了積極的作用，這主要表現在以下幾個方麵。
第一，學院製促進了學科的發展。一所大學是否有新的學科出現，主要取決於兩個方麵：一是在相關的學科領域創造條件，使現有的學科交叉，產生新的學科生長點；二是培育和發展新的學科。20世紀50年代以單一學科建立的係不僅使學科缺乏交叉的條件，而且單一學科的組織特點也使它對其他學科有一種本能的排斥，這不僅給學科的相互溝通與跨越造成了障礙，而且破壞了學科知識間的相互依存機製。因此，建立學院製，合並小專業為係，合並係為學院，這一調整的意義不僅在於取消了原來與狹窄的專業相對應的教研室，更重要的是它為不同學科之間的交叉、滲透、融合、重組、嫁接和改造提供了組織上的支撐，為學科的進一步發展和知識的不斷更新創造了更有利的條件。
第二，學院製提高了大學的辦學效益。大學的管理不同於行政管理，行政管理以“效益”為先，崇尚效率至上，宜采用自上而下的垂直管理，而大學作為一個學術組織，其發展取決於學科，學科是構成大學的基本要素，因此，其管理的重心在學科層次，應該實行自下而上的管理。曾經擔任劍橋大學副校長的阿什比說：大學的政策必須由全體教師來決定……大學管理者對教師應該決定的問題，必須避免自己去做決定，防止越俎代庖，教師比大學管理者更了解學科領域的事，大學校長必須促進大學最大限度地實行分權管理。[5]然而，隨著大學規模的擴大、學科的增加，事事都由大學領導和教師來做決定既不可能，也不現實。建立學院之後，讓係所成為教學科研機構，大學成為宏觀管理與監督機構，學院成為大學對學科垂直領導的緩衝機構，不僅有利於維護學科在大學發展中的中心地位，而且由於這種組織結構符合大學運行的規律和特點，也降低了大學組織結構功能失調、運行不暢、管理不當的風險，使大學能夠按照健康、有效的方式發展。