從學科的角度來看，我國高等學校的學院製大致有以下幾大類。
第一大類，虛體型學院與實體型學院。虛體型學院是由相關學科的係、所聯合而成，各係所負責教學、科研等具體工作，學院隻起協調指導作用。如聯合開展課題申報、實行資源共享、教師互聘及相互開設課程等。實體型學院也即“虛係實院”，學院作為校內的二級管理機構，擁有相對獨立的辦學自主權。如職稱指標、經費分配、人員定編等都以院一級為核算單位。目前我國相當一部分高校中這兩種學院並存，如清華大學的六個學院中有三個是虛體，另外，大連理工大學、華中科技大學、中國人民大學、北京師範大學等都有一定數目的虛體學院。從虛實兩種學院的運行情況來看，實體型學院好於虛體型學院。
第二大類，由係直接升格的學院和以學科組建的學院。這類學院的共同特點是以學科為中心。係級院分兩種：一為跟風型，名為學院，實際上仍是原來單一的係科；二是拓展型，即在係升格為學院之後，隨外延的擴大而積極發展相關的新專業、新學科。以學科組建的學院是利用大學內部多學科的優勢，按照某種原則組建的，一般有以下兩種：①以一級學科為核心，將相同或相近或相關的二級學科有機地聯合起來組建學院；②以骨幹學科為龍頭建設學科群，構建適合自身特點的跨學科性、小型綜合性學院。由於這種方式實施起來需要打破原有係科的運行框架，因此難度較大。
第三大類，按產業或行業的集合設置的學院和與地方政府或企事業單位聯合共建的學院。這類學院的共同特點是以社會需要為原則，充分考慮辦學的社會適用性。前者突破了單純按學科組建學院的思路，但仍依靠大學內多種學科力量的支撐。如中國地質大學適應社會需求，以岩石學、礦物學等學科為支撐設置的珠寶學院；南開大學按高技術產業建立的信息技術學院。設置這類學院有利於綜合利用大學內部各學科的力量，發揮多種學科人才的優勢，產業性、學科性都很強。大學與地方政府或企事業單位聯合共建學院，一般來說，是由地方政府或企事業單位出資，學校提供相關專業的人員，兩者聯合辦學。如廈門大學與晉江市共建的晉江學院、湖南大學與嶽陽市聯合創辦的嶽陽理工學院、東南大學與南京汽車工業公司聯合組建的汽車工業學院等。這種學院的優勢在於：學校與社會或企業各取所需，社會或企業利用學校學科和人才的優勢發展經濟，學校通過吸納資金緩解經費不足的壓力，實現互補。