目前我國公立高校占絕大多數，高等教育經費投入仍主要依靠國家財政撥款。國家教育投入的多少，必然極大地影響高等教育事業的發展。雖然改革開放以來我國教育事業有了較快發展，財政性教育投入自20世紀80年代以來逐年穩定增長，但是《中國教育改革和發展綱要》及《教育法》中規定的教育經費的“三個增長”一直沒有真正兌現，教育經費占國民生產總值的比例和預算內教育經費占財政支出的比例一直很低。研究表明，“九五”期間，雖然全國財政性教育經費投入占國民生產總值的比例從1995年的2.46%增加到了2001年的3.19%，但還是沒有達到《中國教育改革和發展綱要》規定的4%的目標；同時預算內教育經費投入占財政支出的比例逐年下降，也就是說，在政府的財政支出中，分給教育的比例越來越小了。各級學校生均預算內教育事業費雖有增長，但增長率不夠穩定；各級學校生均預算內公用經費增長緩慢，且有些年份出現負增長。[15]2012年，國家財政性教育經費為22236.23億元，占GDP的比例為4.28%，實現了《中國教育改革和發展綱要》提出的4%的目標，成為中國教育發展史上重要的裏程碑。2012—2016年，國家財政性教育經費占GDP的比例連續五年超過4%，充分體現了中央優先發展教育的決心，但同經濟合作與發展組織（OECD）國家平均水平相比，我國政府對高等教育的投入仍顯不足。另外，以“分級管理”為基本特征的高等教育投資體製改革雖然一方麵促進了地方高等教育的發展，但另一方麵也造成了全國高等教育發展條件的極其不平衡。在經濟比較發達的地區，高等教育經費比較充足，辦學條件相對較好；而在經濟比較落後的地區，高等教育經費相對短缺，辦學條件相對較差，有些高校的基本運轉非常困難。20世紀90年代末期，伴隨著“211工程”“985工程”的實施，國家對高校的財政投入出現了學校之間的不平衡和區域之間的不平衡。