雖然《高等教育法》明確了“多種渠道籌措教育經費”的高等教育投資體製，但由於高等教育投資體製的配套措施不完善，缺乏吸納各種教育投資的鼓勵性政策，導致大有潛力的民間資金投向高等教育的渠道不暢或受阻，高等教育資金來源仍然單一且不穩定，主要表現在以下幾個方麵。
第一，我國自20世紀90年代浙江、江蘇等率先探索和試辦二級學院（2003年，教育部把這種形式的高校規範為“獨立學院”，以下對這類高校統稱為“獨立學院”）以來，獨立學院十多年來取得了很大的發展，截至2010年3月25日，我國獨立學院數量達到322所。由於多數獨立學院是由普通本科院校和社會力量合辦的，其投入主要是合作方承擔或者以民辦機製共同籌措，吸引了很多社會資本投入高等教育，為實現高等教育高起點快速發展提供了強有力的支撐與保障。但是由於獨立學院的法人、產權等重大法律關係問題不明確，導致獨立學院的舉辦過程中出現了許多不穩定的現象，影響了社會資本對高等教育的投入及獨立學院的進一步發展。2008年2月，教育部出台第26號令《獨立學院設置與管理辦法》，按照要求，從2008年4月1日起，全國獨立學院在五年內，符合條件的都要轉設為獨立建製的普通本科高校。但由於申請專設為獨立設置的民辦本科高校較少，加上對教育部獨立學院規範驗收政策有爭議，五年後，教育部又把獨立學院規範驗收的最後期限延遲到2016年。[16]
第二，我國民辦高校經費的來源渠道十分單一，學費收入占高校總收入的比重過高。2008—2012年，學費占總收入的比例在80%以上，舉辦方投入、政府撥款、捐贈、學校自營及其他收入的比例都較低。[17]而以學費為主要融資渠道的辦學體製必然使民辦高校失去其社會性，最終導致辦學困難，民辦高等教育的發展也將舉步維艱。