高校由於缺乏科學的成本核算機製與競爭機製，在製度安排上漠視了成本效益在高校經濟運行中的重要性，造成辦學成本高昂、結構倒掛，具體表現如下。
第一，高校行政成本近年來一直居高不下。隨著高等教育投入的不斷增加，高校的規模越來越大，高校行政部門和行政層級有增無減，加上受到物價上漲、社會收入普漲等因素的影響，高校人員經費和行政運行經費普遍增加。另外，盡管自1999年國務院辦公廳召開第一次全國高校後勤社會化改革工作會議以來，全國高校後勤發生了深刻變化，高校後勤保障能力、運行效率和服務質量顯著提高，但是由於受多方麵製度的製約，部分地區和部分高校後勤服務模式落後、後勤保障的運行效率和服務質量還不能適應形勢發展的要求。
第二，高校的成本結構中存在著投資“重物不重人”“重行政不重學術”的失調現象。目前，一線教學人員和科研人員的工資待遇與行政後勤人員沒有明顯差距，甚至出現倒掛。我國公辦高校從2010年1月1日起實施績效工資。實施績效工資的目的，是把工作人員的薪酬待遇和個人工作成效密切掛鉤，是排除“幹多幹少一個樣，幹好幹壞一個樣”頑疾的一個重大改革舉措。但在高校行政化背景下，很多高校一線教師的地位和待遇實際上比行政管理人員要低。[18]這種情況與迅速發展的我國勞動力市場的現實形成強烈的反差，造成教師人力資本貶值、浪費，加劇了高校一線教學、科研人才的流失。
另外，高等教育資源共享不完全。隨著高等教育的蓬勃發展，高等教育教學等領域出現了合作的趨勢。相鄰的學校間或“大學城”內開展合作，以實現資源共享。信息技術和互聯網的迅猛發展使高等教育資源共享更加便捷。但由於現行高等教育的設置、布局、結構仍帶有計劃經濟體製下的痕跡，總體上反映不出現實的市場選擇和市場導向，很多高等教育資源如師資、課程、實驗室及運動場地等不能共享或共享不完全，造成了不必要的浪費。甚至在同一所高校內，由於部門管理不規範，仍然存在著設備、實驗室重複建設及教學和科研資源不能共享的狀況。我國本身存在著高等教育經費投入不足的問題，而有限資源的共享又不完全，且又有許多花在了與教學、科研沒有必然聯係的方麵，這就導致了高校人才培養成本的增加，使得辦學效益下降。